根据《企业破产法》的规定，双方互负的债务是可以抵消的，但是要符合一定的条件。
《企业破产法》
第四十条债权人在破产申请受理前对债务人负有债务的，可以向管理人主张抵销。但是，有下列情形之一的，不得抵销：
(一)债务人的债务人在破产申请受理后取得他人对债务人的债权的；
(二)债权人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，对债务人负担债务的；但是，债权人因为法律规定或者有破产申请一年前所发生的原因而负担债务的除外；
(三)债务人的债务人已知债务人有不能清偿到期债务或者破产申请的事实，对债务人取得债权的；但是，债务人的债务人因为法律规定或者有破产申请一年前所发生的原因而取得债权的除外。
一、借款和工资抵消是否合法
抵消，又称充抵，是指二人互付债务且给付种类相同时，各得以其对他方的债权充抵自己对他方的债务，从而使各自的债务在对等的额度内相互消灭，由此产生的权利称抵消权。抵消权是一种形成权，即只要单方通知对方即可生效。在抵消中，主动抵消的一方称为主动债权人，被抵消的一方称为被动债权人。抵消权的行使在现实的经济生活中具有重要的法律意义。其一，抵消使得当事人本应履行的债务不再履行，从而简便了债权满足的途径，节省了费用。其二，有担保的作用，可以有效地保护债权人的权利。如果一方当事人在对方当事人清偿能力下降的情况下，将自己对对方的债务与对方对自己的债务相抵消。这样就可以迅速地使自己的债权得到清偿，避免将来可能发生这样的情况：即自己清偿了对方的债权，而对方却失去了清偿的债权的能力。
那么，行使抵消权如果双方所负债务，标的物种类、品质不相同的，只能通过约定抵消，单方不得抵消。也就是说，存在两种不同的法律关系，要求偿还借款的请求，属于普通民事法律关系，而拖欠工资的行为属于劳动争议法律关系，前者由《民法》加以约束，后者由《劳动法》加以约束。两种不同的法律关系导致双方所负债务，标的物种类、品质的不相同，如果双方达成约定，可以抵消。如未达成约定，只能依据不同的法律规定，适用不同的法律程序加以解决。单方提出抵消，是不合法的。
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