克孜勒苏柯尔克孜自治州辖阿图什市、阿克陶县、乌恰县、阿合奇县3县，下辖3个街道、39个乡镇（场）。自治州首府是阿图什市。克孜勒苏柯尔克孜自治州位于新疆维吾尔自治区西南部。其地跨天山山脉西南部、帕米尔高原东部、昆仑山北坡和塔里木盆地西北缘，自治州北部和西部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦两国接壤，边境线长达1195千米。
东部与阿克苏地区相连，南部与喀什地区毗邻，全州东西长约500千米，南北宽约140千米，面积7.25万平方千米。
