农村宅基地证丢了，可以去房屋管理部门申请补办。具体的补办流程如下：
1.先登报声明将原《房屋所有权证》作废，登报后张贴公告征求异议;
2.10日后如无异议由房主申请所属镇的规划建设管理站的工作人员到实地测量;
3.房屋所有权人提供身份证、户口薄复印件、登记声明作废报纸原件、村委证明等相关材料;
4.申请重新办理《房屋所有权证》。
宅基地证，通称宅基证。是我国在农村合作化后，农村村民在集体土地上因建房需要，向集体组织申请建房用地，经集体报送县(市)人民政府批准后，向县(市)土地行政主管部门申请办理集体土地使用权登记并由县(市)人民政府颁发《集体土地使用证》。
一、农村房产证是大产权吗
是。宅基地上建的房也有房产证，叫宅基地证。它不是小产权房，可以理解为是有限的大产权房。（只能在集体内部转让）我国在农村合作化后，农村村民在集体土地上因建房需要，向集体组织申请建房用地，经集体报送县（市）人民政府批准后，向县（市）土地行政主管部门申请办理集体土地使用权登记并由县（市）人民政府颁发《集体土地使用证》。宅基地证是当前农村村民合法拥有房屋和用地的权利凭证，可以在集体内部成员之间转让，但不得向非集体组织成员转让。宅基地证，通称宅基证。
二、怎样申请水田做宅基地
（一）申请。申请人持申请材料向当地村委会提出书面用地申请。村委会依法召开村委会或村民代表大会进行审议，并张榜公布，在张榜公布期内本村村民未提出异议或者异议不成立的，上报给乡镇国土资源所初审。
（二）现场勘查。乡（镇）人民政府组织国土资源所进行现场勘查和群众调查，审查建房用地和建设申请条件，并制作勘查笔录和审查意见书。
（三）填申请表。国土资源所初审合格后发放《农村村民住宅用地与建设申请表》。
（四）村委会审查。村委会对申请人提交的《农村村民住宅用地与建设申请表》进行审查并签署意见，证明申请人的原住宅用地情况和家庭成员现居住情况，由负责人签字，同时加盖村民委员会公章，报乡（镇）人民政府审核。
（五）审核上报。乡（镇）人民政府在收到村委会上报的住宅建设用地申请材料后完成审核并现场确定规划用地范围，并报县国土资源局初审。县国土资源局对符合审批条件的上报县人民政府。
（六）审批。县人民政府批准用地的，由县国土资源局颁发《建设用地批准书》。
（七）放样。由国土资源所牵头协同乡镇政府人员根据《建设用地批准书》和《村镇建设工程规划许可证》到实地放样，划定范围，填写《放样记录卡》，放样参加人应当在《放样记录卡》上签字。放样后，用地申请人方能动工建设。
（八）验收发证。新建、改建、扩建农村村民住宅，应当自房屋竣工验收合格之日起30个工作日内依法申请办理土地初始登记或者变更登记手续和房屋产权登记手续，领取土地使用权证书和房屋所有权证书。
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