(1)对发明专利申请进行实质审查后，审查员认为该申请不符合专利法及其实施细则的有关规定的，应当通知申请人，要求其在指定的期限内陈述意见或者对其申请进行修改；审查员发出通知书(审查意见通知书、分案通知书或提交资料通知书等)和申请人的答复可能反复多次，直到申请被授予专利权、被驳回、被撤回或者被视为撤回；
(2)对经实质审查没有发现驳回理由，或者经申请人陈述意见或修改后消除了原有缺陷的专利申请，审查员应当发出授予发明专利权的通知书；
(3)专利申请经申请人陈述意见或者修改后，仍然存在通知书中指出过的属于专利法实施细则第五十三条所列情形的缺陷的，审查员应当予以驳回；
(4)申请人无正当理由对审查意见通知书、分案通知书或者提交资料通知书等逾期不答复的，审查员应当发出申请被视为撤回通知书。
此外，根据需要，审查员还可以按照本指南的规定在实质审查程序中采用会晤、电话讨论和现场调查等辅助手段。
核对申请的国际专利分类号
审查员接到申请案后，不管近期是否进行审查，都应当首先核对申请的国际专利分类号。
审查员认为申请不属于自己负责审查的分类范围的，应当根据专利分类协调的规定及时处理，以免延误审查。
审查员认为分类号不确切，但仍属于自己负责审查的范围的，应当自行改正分类号。
审查的顺序
(1)一般原则
对于接收的发明专利申请，除本章第3.4.2节所述的特殊情况外，都应当按照接收的先后顺序进行审查，但可以将先后接收的同类的专利申请放在一起同时审查。
在申请人对第一次审查意见通知书作出答复之后，审查员对申请继续审查时，一般应按照答复的先后顺序进行。
(2)特殊处理
对下列几种情况可作特殊处理：
①对国家利益或者公共利益具有重大意义的申请，由申请人或者其主管部门提出请求，经专利局局长批准后，可以优先审查，并在随后的审查过程中予以优先处理。
②对于专利局自行启动实质审查的专利申请，可以优先处理。
③保留原申请日的分案申请，可以与原申请一起审查。
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