农村房屋确权后更改流程如下：
1、申请。申请人持申请材料向当地村委会提出书面用地申请。村委会应当在每一个季度集中申请材料，依法召开村委会或村民代表大会进行审议，并张榜公布，在张榜公布之日起15个工作日内本村村民未提出异议或者异议不成立的，上报给乡镇国土资源所初审；
2、现场勘查。乡（镇）人民政府组织国土资源所进行现场勘查和群众调查，审查建房用地和建设申请条件，并制作勘查笔录和审查意见书；
3、填申请表。国土资源所初审合格后发放《农村村民住宅用地与建设申请表》；
4、村委会审查。村委会对申请人提交的《农村村民住宅用地与建设申请表》进行审查并签署意见，证明申请人的原住宅用地情况和家庭成员现居住情况，由负责人签字，同时加盖村民委员会公章，报乡（镇）人民政府审核；
5、审核上报。乡（镇）人民政府在收到村委会上报的住宅建设用地申请材料后完成审核并现场确定规划用地范围，并报县国土资源局初审。县国土资源局对符合审批条件的上报县人民政府。
6、审批。县人民政府批准用地的，由县国土资源局颁发《建设用地批准书》；
7、放样。由国土资源所牵头协同乡镇政府人员根据《建设用地批准书》和《村镇建设工程规划许可证》到实地放样，划定范围，填写《放样记录卡》，放样参加人应当在《放样记录卡》上签字。放样后，用地申请人方能动工建设；
8、验收发证。新建、改建、扩建农村村民住宅，应当自房屋竣工验收合格之日起30个工作日内依法申请办理土地初始登记或者变更登记手续和房屋产权登记手续，领取土地使用权证书和房屋所有权证书。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第十二条
土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。
依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
