区别有：
1、保证责任不同，履约保函是由担保人为施工方(申请人)向业主(受益人)提供的，保证施工方履行工程建设合同责任和义务，承包商不履行合同的，业主可要求保证人在保函金额内承担保证责任。预付款保函是预付款保证担保，指由保证人为施工方向业主提供的，保证人对施工方履行扣还预付款义务的保证。
2、担保时间不同，履约保函担保往往要贯穿整个项目，时间比较长。预付款保函担保的时间往往不长，一般30-90天。
一、什么是指预付工程款
预付工程款，是指发包人给承包人预付了买施工材料、场地、设备。使施工得以在规定的时间内进行完成。发包人给承包人预付的金额是由银行做担保，主要是预防承包人在拿到工程预付款后“卷铺走人”了，所以银行保函预付款的形式做担保，预付款一般逐月从工程预付款中扣除，预付款担保的担保金额也相应逐月减少。承包人在施工期间，应当定期从发包人处取得同意此保函减值的文件，并送交银行确认。如果发包人没有在合同规定的时间内支付预付款，承包人可以申请人民法院，将工程拍卖处理。
二、承包人接收到保函索赔通知怎么办
承包人接收到保函索赔通知后，应冷静分析索赔原因，及时选择合法途径解决履约保函争议。首先，应与保函当事人进行沟通。与发包人沟通，力争消除双方误解，促使发包人撤回索赔文件或者放弃索赔权利。与担保人沟通，要求担保人严格审查索赔文件，合理谨慎地履行赔偿义务。其次，以发包人为被告提起诉讼，并申请诉前或诉讼财产保全措施，请求法院裁定通知担保人暂停保函项下赔付，待基础合同纠纷解决后，视生效判决或裁定结果决定最终是否赔付，以避免给担保人或者承包人造成无法挽回的经济损失。但由于我国现有法律并没规定保函欺诈或不当索赔例外的规则，承包人只能依据民事诉讼法的相关规定提出上述请求，实践中法院是否作出上述裁定，有待其具体裁量。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》第六百八十六条保证的方式包括一般保证和连带责任保证。当事人在保证合同中对保证方式没有约定或者约定不明确的，按照一般保证承担保证责任。
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