不低于40%。但是如果拥有1套住房并已结清相应 购房贷款 的缴存职工家庭，为改善居住条件再次申请 住房公积金 委托贷款 购买普通自住房，最低首付款比例为30%。 《 住房公积金管理条例 》第二十六条，缴存住房公积金的职工，在购买、建造、翻建、大修自住住房时，可以向住房公积金管理中心申请 住房公积金贷款 。 住房公积金管理中心应当自受理申请之日起15日内作出准予贷款或者不准贷款的决定，并通知申请人；准予贷款的，由受委托银行办理贷款手续。 住房公积金贷款的风险，由住房公积金管理中心承担。
二套房公积金贷款首付是多少，购买第二套商品住宅，可申请使用住房公积金贷款，且首付款比例不低于60%。主要内容如下：购买第二套商品住房(住宅类)，仍可申请公积金贷款。对于职工提出明确第二套房以及90平方米以下住房首付款比例等政策的要求，《规定》第十四条增加了“首付款比例不得低于国家规定的首付款比例要求”的规定，确定适用国家有关规定的原则。按照住房城乡建设部、财政部、人民银行、银监会联合印发《关于规范住房公积金个人住房贷款政策有关问题的通知》，使用住房公积金贷款购买首套普通自住房，套型建筑面积在90平方米(含)以下的，贷款首付款比例不得低于20%;套型建筑面积在90平方米以上的，贷款首付款比例不得低于30%。如果之前按揭购买了一套商品住房(住宅类)，然后又卖了，现在准备新购一套商品住房(住宅类)，申请公积金贷款仍算第一套。与商业银行不同的是，银行‘认房也认贷’，而公积金中心‘只认房不认贷’。也就是说，公积金中心只认申请人目前名下房产，不计算其拥有房产和按揭贷款的历史记录。
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