法律分析：烟草公司只能在经营场所内进行检查，不能搜查。如果是对他人居住的房屋进行搜查，要先刑事立案，签发搜查令，才可以搜查。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百三十六条 进行搜查，必须向被搜查人出示搜查证。
在执行逮捕、拘留的时候，遇有紧急情况，不另用搜查证也可以进行搜查。
《中华人民共和国烟草专卖法》 第四十八条 烟草专卖行政主管部门查处违反《烟草专卖法》和本条例的案件时，可以行使下列职权：
(一)询问违法案件的当事人、嫌疑人和证人；
(二)检查违法案件当事人的经营场所，依法对违法生产或者经营的烟草专卖品进行处理；
(三)查阅、复制与违法活动有关的合同、发票、账册、单据、记录、文件、业务函电和其他资料。
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