停薪留职的坏处具体如下：
1、因为员工与本单位还是处于劳动关系，其中公司就会履行相应的权利和义务，而员工本人是暂时没有履行他的义务的；
2、社保问题：一是缴费问题，二是费用报销问题，三是员工发生意外，公司会承担责任问题；
3、如员工去其他公司上班，公司没法查询到，也无法核实，即使员工有严重违纪行为，公司也无从知道，这大大增加了用工风险。
4、岗位编制问题，如果此有岗位编制，这个员工又占用了编制，导致部门的人力资源减少，对部门有一定的影响。
停薪留职协议书的内容有： 在停薪留职期间，企业停发工资、奖金、各种津贴和补贴，停止享受劳保福利等待遇；职工应按月向原单位缴纳待业保险基金、养老保险基金及其他费用；停薪留职期间按期缴纳费用的职工可计算连续工龄；职工在停薪留职期满前即未办理复工手续，又未办理辞职、调动手续的，企业待职工停薪留职期满后可按自行离职处理，并发给离职证明书；停薪留职期限，由企业根据生产或工作需要与职工具体商定。
停薪留职的办理过程，职工应提出书面申请，经企业批准，并签订停薪留职协议书。如果作了停薪留职申请，却未经企业批准就擅自离职的，企业要按违反劳动纪律来做处理。
法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》
第八十二条 用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
