解决运输纠纷一般有四种途径，即当事人自行协商解决、调解、仲裁和诉讼。其中，仲裁和诉讼是准司法或司法解决。运输纠纷出现后，大多数情况下，纠纷双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商，甚至在行业协会或其他组织介人调解的情况下还是无法解决，双方只能寻求准司法或司法途径解决。
一、运输合同纠纷类型
1、单证纠纷。单证纠纷主要发生在承运人和托运人之间。此类纠纷包括：因单证瑕疵引起的纠纷；因承运人签发单证时的失误引发的纠纷；因托运人未与收货人达成协议，却要求签发特殊单证（倒签或预借提单）而在承运人与托运人之间产生的纠纷。
2、货物损失、灭失的纠纷。该类纠纷一般发生在承运过程中。造成此类纠纷的原因很多，可能是由于托运人自身的过失造成的，如包装不良、标识不清引起，也可能是承运人的过错造成的，如积载不当、操作失误、运具选择不当等。另外，还有不可抗力造成的货物损失、灭失，应根据风险分配原则分担风险。
3、延迟交付纠纷。这是指因承运人在合同约定期限以后进行交付而发生的纠纷。纠纷发生的原因主要有：因承运货物发生交通事故；因积载能力而必须将货物延迟发送；因过失造成中转滞留；因某种原因而绕行导致发生纠纷。
4、运杂费纠纷。这是因为托运人或收货人的故意或过失，未能及时或全额交纳运费，以及因在履行合同中所发生的其他费用而发生的纠纷。
5、运输工具损害纠纷。这是指因托运人的过失，造成对承运人的运输工具损害而引发的纠纷。
二、运输合同纠纷的管辖
从便利审判与诉讼以及存在实际联系的角度出发，运输合同纠纷由运输始发地、目的地或被告住所地法院管辖是适宜的。目的地是指客、货运输的最终到达地。
运输合同可能是单一的运输工具来完成，比如由路上运输或者水上运输或者空中运输单独完成，也有可能采取的是多种运输工具联合运输，路上运输还存在公路运输和铁路运输之分。
采用不同的运输工具，就可能形成是由普通法院管辖还是由专门法院管辖的问题。实践中处理这一问题的基本原则是：
1、如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖，采用铁路运输，则由铁路运输法院管辖；
2、如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖；
3、在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，如何确定管辖法院，法律并未作出具体规定，在这种情况下，可以由当事人选择法院管辖。
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