农村的违建由乡镇人民政府来查处。
农村违建房归县级以上人民政府土地行政主管部门、乡、镇人民政府管理。当事人在无土地规划、准建手续的情况下，在农村土地上建造房屋，违反了相关法律规定，县级以上人民政府土地行政主管部门可以实施的行政处罚。
除以下几种情况的，违建房屋就要拆除。
（1）有利于农业发展的建筑物，不需要拆除。
（2）当初在国家规定的条件下、满足国家标准的房屋，比如当初国家规定这类农户可以享有一户多宅政策的，处于这种情况中的农户房屋，可以保留。
（3）农户家庭条件确实贫困，只有这一处房屋、并且这处房屋虽被定性为违章建筑需要拆除，但只要农户的房屋面积不大，符合贫困住房的面积指标，这种违规房屋就会被保留，无需拆除。
（4）只要农户在自家宅基地上建起的院落、棚子等，只要建筑物的所在之处没有超出自家宅基地的使用范围，就视为合法建筑，不能拆除。
（5）国家鼓励农村的工业发展，因此在农村建立起来的一些“三无厂房”，即没有相关土地证明或其他证件的仓库用房，可以暂缓拆迁，厂房负责人可以在此期间去有关部门补齐相应的手续，厂房就可免于拆迁，并可继续使用。
法律依据
《中华人民共和国土地管理法》
第七十四条 买卖或者以其他形式非法转让土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门没收违法所得；对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法转让的土地上新建的建筑物和其他设施；可以并处罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第七十八条 农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。
《中华人民共和国城乡规划法》
第六十五条 在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。
第六十六条 建设单位或者个人有下列行为之一的，由所在地城市、县人民政府城乡规划主管部门责令限期拆除，可以并处临时建设工程造价一倍以下的罚款：
（一）未经批准进行临时建设的；
（二）未按照批准内容进行临时建设的；
（三）临时建筑物、构筑物超过批准期限不拆除的。
