一、股权转让协议和工商登记不符如何处理

1、股权转让协议和工商登记不符，若是与公司外的人发生纠纷，应当以工商登记为准，对内应当以公司章程以及股东名册确定股东的资格。

2、协议不具有确认股东资格的效力。

3、法律依据：《公司法》

第七十一条 有限责任公司的股东之间能不能相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权;不购买的，视为同意转让。

经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。

第一百三十九条 记名股票，由股东以背书方式或者法律、行政法规规定的其他方式转让;转让后由公司将受让人的姓名或者名称及住所记载于股东名册。

股东大会召开前二十日内或者公司决定分配股利的基准日前五日内，不得进行前款规定的股东名册的变更登记。但是，法律对上市公司股东名册变更登记另有规定的，从其规定。

二、股权转让如何定价

1、在公司股权转让过程中，如何确定股权转让价款，在实务中常常引起争议。当前，我国相关法律除了对国有股权的转让估价作了限制性规定外，对于普通股权转让价格的确定并未作具体的规定。根据意思自治原则，只要当事人不违反法律的强制性规定，不损害国家和第三人的合法权益，法律允许股东自由确定股权转让价格。

2、在法律实践中，普通股权的转让价格通常由以下几种方式确定：

(1)当事人自由协商确定，即股权转让时，股权转让价款由转让方与受让方自由协商确定，可称为“协商价法”。

(2)以公司工商注册登记的股东出资额为股权转让价格.可称为“出资额法”。

(3)以公司净资产额为标准确定股权转让价格，可称为“净资产价法”。

(4)以审计、评估的价格作为依据计算股权转让价格，可称为“评估价法”。

(5)以拍卖价、变卖价为股权转让价格。

3、上述几种方法，都有其可取之处，但也均存在不足。依出资额法和净资产价法确定的股权价格简单明了，便于计算和操作;评估价法则通过对公司会计账目、资产的清理核查，较能体现公司的资产状况;拍卖、变卖的方法引入了市场机制，在一定程度上能体现股权的市场价值。但是，公司的生产经营活动受经营者的决策及市场因素的影响较大，公司的资产状况处于一种动态变化之中，股东的出资与股权的实际价值往往存在较大差异，如对股东的股权未经作价以原出资额直接转让，这无疑混淆了股权与出资的概念;公司净资产额虽然反映了公司一定的财务状况，但由于其不体现公司资金的流转等公司运作的重要指数，也不能反映公司经营的实际情况;审计、评估能反映公司财产状况，也能对公司运作的大部分情况进行估算，却不能体现公司的不良资产率、公司发展前景等是对股权价值有重要影响的因素;拍卖、变卖一般时间较紧，转让方和受让方常无法进行更多直接沟通。如不能很好理解和运用这几种方法，将造成股权的滥用，侵犯股东和公司的合法权益。

4、虽然当事人可以自由选择以上方式确定股权转让价格，但仍需遵守我国法律的强制性规定。如果股权转让价格与股权实际价值(或市场价值)差距过大，往往容易产生股权特让纠纷，有异议的一方可能会以此为由主张股权转让双方恶意串通。恶意串通约定股权转让价格,致国家、集体或者第三人利益受损的，将导致股权转让行为无效为了避免此类法律风险，保障股权转让各方的合法权益，当事人应尽量采取反映股权实际价值或市场价值的价格确定方式。例如，可以先对公司的资产、负债情况进行整体评估、审计，确定转让基准价格，并以此为基础协商确定转让价格，还可以结合公司不良资产率、国家产业政策等因素确定转让价格，或者引进拍卖、变卖的市场竞争机制转让股权。