在当地的动物卫生监督所办理。
办宠物检疫合格证明需要的材料：
1、申请人填写的《动物防疫合格证》申请表。
2、法人代表证明或业主身份证复印件。
3、饲养场所在地用地证明复印件。
4、经营加工场所的房产证明或承租协议复印件。
5、从业人员的资格证书复印件，防治人员畜牧兽医专业毕业证或结业证原件和复印件每人1份，身份证原件及复印每人1份。
6、有关动物防疫制度书面材料。
7、国家和省规定的其它证明材料。动物卫生监督机构指派官方兽医按照《中华人民共和国动物防疫法》和《动物检疫管理办法》的规定对动物、动物产品实施检疫，出具检疫证明，加施检疫标志。
办宠物检疫合格证的时间及办理事项：
1. 宠物检疫证有效期为3至5天，所以最好在托运前一天办理。办理前宠物需要免疫完全，并且办理时间与疫苗完成注射时间要间隔21天以上。同时办理时需要携带免疫证去办理检疫合格证明，如果是托运的狗狗，还要带好狗证进行办理。
2. 办理检疫证的时候，需要由宠主提供航班号或者列车车次，所以最好要先买好票，并且提前和工作人员沟通，明确这趟班次是允许带宠物的。
3. 如果找不到动物检疫站，可以到当地的宠物医院进行咨询，有部分宠物医院是可以进行代办的，甚至还能直接进行办理，还能给宠物做个体检，并开好免疫证明。
综上所述，开具《动物检疫合格证明》的，须由宠物狗主人凭农业部规定的犬只相关疫病实验室检测报告，提出检疫申报，填写《检疫申报单》，动物卫生监督机构现场检疫合格的，给予出具《动物检疫合格证明》。
【法律依据】：
《中华人民共和国动物防疫法》第四十一条
动物卫生监督机构依照本法和国务院兽医主管部门的规定对动物、动物产品实施检疫。
动物卫生监督机构的官方兽医具体实施动物、动物产品检疫。
