员工违反竞业限制协议的，公司可以采取以下方式处理：1、按照协议约定，要求员工支付相应的违约金。根据《劳动合同法》第二十三条规定，劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。也就是说，当双方在竞业限制协议中约定违约金的，公司就可以按照约定，要求员工支付违约金。2、依法要求员工，赔偿公司实际损失。根据《劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。因此，要是双方没有约定违约金或公司认为违约金过低的，可以要求员工按照实际损失予以赔偿。只是公司提出此项赔偿时，还应该提供证明证实自身损失的金额，否则员工可以不赔偿或适当赔偿部分费用。3、公司在要求员工支付违约金或赔偿损失时，可同时要求员工停止违约行为，继续履行竞业限制协议。4、当公司与员工协商不成时，公司可以收集证据资料向法院提起诉讼，要求员工支付违约金或赔偿损失，同时继续履行竞业限制协议。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条、第九十条
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(四)》第十条
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