工程造价司法鉴定，具有严格司法程序，大体上可以分为两个阶段，第一阶段程序如下：
（一）鉴定委托；受理委托；确定工程造价司法鉴定人员。
（二）查阅案卷是进行工程造价司法鉴定的首要工作。
在一般的建筑工程造价审计中，结论大多是固定格式化的，而在司法鉴定中的工程造价问题都具有特殊性和个别性，只有深入了解案卷的基础上，才能有正确的思路，明确争诉的焦点，为鉴定工作的开展奠定基础。
（三）召开当事人会议，并作好询问笔录（若当事人申请鉴定人回避，则重新确定工程造价司法鉴定人员）。
（四）现场勘探、证据调查。
第二阶段程序如下：
（一）当事人对司法鉴定初稿提出书面异议。
（二）听证质疑（当事人提出异议主张及证据，并对其进行申辩陈述）。
司法鉴定人应全面认真听取当事人的异议、反驳申辩理由，并作好相应的记录。
（三）工程造价司法鉴定人员对鉴定初稿进行审查修改。
（四）出具鉴定报告。
庭审质证。
出庭质证是鉴定人的基本义务，也是力求使司法机关采信鉴定结论的过程。
工程造价司法鉴定是指依法取得有关工程造价司法鉴定资格的鉴定机构和鉴定人受司法机关或当事人委托，依据国家的法律、法规以及中央和省、自治区及直辖市等地方政府颁布的工程造价定额标准，针对某一特定建设项目的施工图纸及竣工资料来计算和确定某一工程价值并提供鉴定结论的活动。当事人约定按照固定价结算工程价款，一方当事人请求对建设工程造价进行鉴定的，不予支持。
法律依据
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第十六条：当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协商一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
