建设工程合同纠纷可以适用仲裁，但是需要事先在合同里约定相应的仲裁条款，在约定仲裁条款时需要注意以下内容：第一，仲裁条款必须以书面形式表示。仲裁条款是指直接订立在《建设工程施工合同》中的仲裁协议，是双方同意将可能发生的纠纷提交仲裁的意思表示。仲裁条款订立在纠纷发生前。鉴于《建设工程施工合同》当事人双方在发生争议后较难达成解决争议的仲裁协议之习惯，故请求仲裁的意思表示往往是在订立《建设工程施工合同》时即以书面条款形成。第二，仲裁条款的内容必须符合法律规定。根据《仲裁法》第16条的规定，仲裁条款应当具有下列内容：1请求仲裁的意思表示、2仲裁事项以及3选定的仲裁委员会。第三，仲裁条款必须无法定的无效情形。《中华人民共和国仲裁法》第十七条明确规定，有下列情形之一的，仲裁协议无效：(一)约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的;(二)无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立仲裁协议的;(三)一方采取胁迫手段，迫使对方订立的仲裁协议的。
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