农村房产证归房屋所在地的登记机关部门管理。申请人提出书面申请，由登记机关对受理的申请进行权属审核；对可能有争议的申请采用布告、报纸等形式公开征询异议；申请登记进行最后的确认批准，颁发房屋权属证书给房屋权利申请人。
【法律依据】
《土地管理法实施条例》第三条
国家依法对土地实行登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
《不动产登记暂行条例》第十八条
不动产登记机构受理不动产登记申请的，应当按照下列要求进行查验：
（一）不动产界址、空间界限、面积等材料与申请登记的不动产状况是否一致；
（二）有关证明材料、文件与申请登记的内容是否一致；
（三）登记申请是否违反法律、行政法规规定。
