1、后续管理事项不明确，缺乏统一的后续管理办法。现行政策未明确后续管理具体事项，未对后续管理事项进行有效分类。现行的相关事项的后续管理主要是在各个单行文件中予以反映，比较杂乱，对如何进行后续管理没有具体指引。
2、部分税收政策的规定不明确。如在对总分机构的管理中，明显存在分支机构主管税务机关监管职责不清，对分支机构汇总申报的税款是否具有审核权和稽查权没有明确规定，基层税务机关对分支机构如何管理、管理到何种程度没有依据。
3、管理人员素质不高。税务机关能够比较全面掌握财会知识和企业所得税政策、熟练进行日常管理和税务评估的复合型人才不多，致使难以适应企业所得税管理的要求，从而弱化了后续管理。如未按规定进行台帐登记，台帐的真实性受到置疑。
一、如何加强企业所得税后续管理？
1、实施分类管理。根据后续管理的分类，采用不同的管理方法。在对总分机构的管理中，要各级税务机关要加强纵向、横向联系协作，建立和完善总分机构主管机关联系和信息反馈制度，明确总机构向分支机构传递相关信息的时限规定；对享受减免税企业，做好事前、事中、事后全程管理和监控。企业申请时，要严格按照规定的权限、程序和时限，做好减免税的审核审批和备案管理。享受优惠期间，要定期进行实地核查，及时掌握政策落实情况，防止企业将非减免税项目纳入减免税项目，不符合条件仍继续享受优惠等问题的发生。
2、实施台帐管理。对政策性和连续时间强的项目的实施台帐管理，能真实记录所得税业务的过程和结果，对相关项目实施有效的跟踪管理和动态监控，是后续管理的起点。要完善台帐种类。根据业务需要，在省局已经发布的十个台帐的基础上，增加对政策性搬迁收入、资产折旧摊销时间性差异、各类税前不允许列支的准备金提取转回、房地产企业成本费用归集等台帐的建立。
3、实施信息化管理。结合综合征管软件、评估软件，逐步开发后续管理软件或在相关软件中增加后续管理模块，建立统一的后续管理平台，发布后续管理任务，跟踪监控后续管理绩效。增加现行综合征管软件对企业申报的税收优惠数据、资产损失金额的校验功能。现行综合征管软件对企业申报的税收优惠数据、资产损失税前扣除金额是否经税务机关备案通过并无制约关系，导致一些企业在申报时未经税务机关备案便享受了税收优惠。
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