1、认定主体。
拆迁实践中，由拆迁人、房屋拆迁主管部门和城管大队等直接认定某一房屋(包括自建房)或者其他建筑物、构筑物等其他设施为违章建筑的情形很普遍。实际上，违章建筑只有城市规划行政主管部门有权加以认定。
拆迁人应当就可能系违章建筑、违法建设的房屋的事宜报请规划主管部门处理，或者告知被拆迁人申请规划主管部门处理。规划主管部门在接到拆迁人的有关报告或者被拆迁人的有关申请后，再依法确定是否为违章建筑、违法建设。
2、处理主体与方式。
同样地，对违章建筑、违法建设的处理权仅仅归属于规划行政主管部门。在自建房屋虽然影响规划，但可以采取改正措施的情况下，规划主管部门可以责令当事人限期改正并处罚款。被拆迁人在接受处罚后采取了有关改正措施的，规划主管部门可以认定该房屋系合法建筑，被拆迁人凭规划主管部门的处罚决定申请房屋产权登记，该房屋可以按照合法建筑给予拆迁补偿。
3、处理时效。
违章建筑、违法建设并不必然受到法律追责。原因在于，法律在赋予追则主体行政处罚权力的同时，也规定了行使该权力的时效。根据我国现行法律的规定，对违章建筑、违法建设进行处罚的时效是两年。若超过该时效，权力即归于消灭。
二、自建房拆迁补偿标准是什么？
农村自建房拆迁赔偿费标准，货币补偿金额计算公式为：(被拆除房屋建安重置单价结合成新同区域新建多层商品住房每平方米建筑面积的土地使用权基价价格补贴)×被拆除房屋的建筑面积。
农村征地拆迁补偿标准被拆除房屋的用途和建筑面积，一般以房产权证、农村宅基地使用证或者建房批准文件的记载为准。如记载与实际不符的，除违章建筑外，应以实际为准。
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