有病假条被扣工资的，如果扣除的数额合法合理的，则员工应当予以接受；如果公司发给员工的工资低于当地最低工资标准的80％的，则员工可以通过协商、调解、仲裁等方式来处理。
【法律依据】
《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十八条
企业下岗待工人员，由企业依据当地政府的有关规定支付其生活费，生活费可以低于最低工资标准，下岗待工人员中重新就业的，企业应停发其生活费。女职工因生育、哺乳请长假而下岗的，在其享受法定产假期间，依法领取生育津贴；没有参加生育保险的企业，由企业照发原工资。
第五十九条
职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80％。
《中华人民共和国劳动法》第七十七条
用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
调解原则适用于仲裁和诉讼程序。
