建设工程内部承包纠纷的注意事项包括：
1、施工企业要从源头上加强对内部承包人(项目经理)的引进和选择，建立合法有效的劳动关系。
2、完善内部承包合同的内容，在签订合同过程中明确双方权利义务。
3、施工企业要加强对内部承包人的资质管理，对工程项目在管理、技术等方面给予支撑。
一、内部承包关系可以构成职务侵占罪吗法律依据
内部承包关系可以构成职务侵占罪。内部承包经营的情况下，建筑企业提供了工程所需的必要的技术管理、技术服务，进行了必要的安全、质量管理，司法实践中，一般会认定承包人为建筑企业单位内部人员。建设单位拨付给建筑企业的工程款，一旦进入建筑企业的帐户，其所有权和支配权就属于建筑企业。因此，内部承包经营者有可能被认定构成职务侵占罪。
二、资料专用章签合同有效吗
未特殊约定下无效。在通常情况下，资料专用章在未经过施工单位的明确授权时，只能用于单位内部的技术资料管理或报审施工资料等，并不能起到设立、变更、消灭债权债务的效力。资料专用章不能用于对外签订合同，也不能反映施工单位有订立合同的意思表示。
三、施工单位是什么意思
施工单位又称承建单位，是建筑安装工程施工单位的简称，指承担基本建设工程施工任务，具有独立组织机构并实行独立经济核算的单位。在采取承发包方式进行施工时，施工单位，常被称为乙方。我国的施工单位按照经营方式分为施工企业和自营单位。施工企业是按照经济核算制原则建立的生产组织，按照国家计划承担各项工程的建筑安装等施工任务。施工单位具有以下义务：施工单位应当依法取得相应等级的资质证书，并在其资质等级许可的范围内承揽工程。禁止施工单位超越本单位资质等级许可的业务范围或者以其他施工单位的名义承揽工程。禁止施工单位允许其他单位或者个人以本单位的名义承揽工程。施工单位不得转包或者违法分包工程。施工单位对建设工程的施工质量负责。施工单位应当建立质量责任制，确定工程项目的项目经理、技术负责人和施工管理负责人。
【本文关联的相关法律依据】
《建设工程合同条例》第二百六十九条建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。建设工程合同包括工程勘察、设计、施工合同。
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