律师解答：
农民工工资保证金由建筑施工单位按规定存入。建设单位在拨付工程价款时，按第十条规定比例单独开列合同建筑企业农民工工资保证金支票，直接转入农民工工资保证金专户企业账户，所转入资金列入已支付工程款。
【法律依据】：
《保障农民工工资支付工作考核办法》
第一条 为落实保障农民工工资支付工作的属地监管责任，有效预防和解决拖欠农民工工资问题，切实保障农民工劳动报酬权益，维护社会公平正义，促进社会和谐稳定，根据有关规定，制定本办法。
第二条 本办法适用于对各省(区、市)人民政府及新疆生产建设兵团(以下统称各省级政府)保障农民工工资支付工作的年度考核。
第三条 考核工作在国务院领导下，由解决企业工资拖欠问题部际联席会议(以下简称部际联席会议)负责实施，部际联席会议办公室具体组织落实。考核工作从2017年到2020年，每年开展一次。
第四条 考核工作坚持目标导向、问题导向和结果导向，遵循客观公正原则，突出重点，注重实效。
第五条 考核内容主要包括加强对保障农民工工资支付工作的组织领导、建立健全工资支付保障制度、治理欠薪特别是工程建设领域欠薪工作成效等情况。
第六条 部际联席会议办公室组织部际联席会议各成员单位制定年度考核方案及细则，明确具体考核指标和分值。
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