土地确权纠纷处理的一般方法有：
1、纠纷双方协商解决。双方当事人采取其他方式解决纠纷之前，首先在自愿互谅的基础上，依照有关法律规定，直接进行协商，自行解决双方之间的纠纷。
2、当地相关部门。如果双方当事人不愿意协商解决，或者通过协商未能解决纠纷（协商达成解决纠纷的协议后，一方当事人反悔的），可以向村民委员会、乡（镇）政府申请进行调解来解决纠纷。这个时候土地纠纷调解员的作用就体现出来了。
3、仲裁机构。调解都未能解决纠纷，那就向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。
4、人民法院。如果当事人对仲裁结果不服的，可以在收到结果后30日内，以对方当事人为被告，向人民法院提起民事诉讼，通过诉讼方式保护自己的权益。
根据国务院或者省、自治区、直辖市人民政府对行政区划的勘定、调整或者征用土地的决定，省、自治区、直辖市人民政府确认土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的行政复议决定为最终裁决。也就是土地确权纠纷才是行政复议前置，而普通的土地侵权不需要行政前置。
土地纠纷按其争议的内容不同，可分为四类：
（1）土地确权纠纷。此类纠纷是指因不同主体间就土地所有权或土地使用权的归属或界限等问题产生异议而引发的争议纠纷。
（2）土地侵权纠纷。此类纠纷是指因对他人已依法取得的土地所有权或使用权构成侵害，侵权人与被侵权人之间引发的争议纠纷。
（3）土地承包经营纠纷。此类纠纷是指因土地承包经营发生的纠纷。包括发包人与承包人之间、农村集体经济组织内部不同成员（承包户）之间，本农村集体经济组织内部成员与外村承包户之间因土地承包经营发生的各类纠纷。
（4）土地行政争议。此类纠纷是指因相对人对土地行政主管机关或人民政府作出的土地行政处罚等具体行政行为不服而引起的争议纠纷。
【法律依据】
《土地管理法》第十六条，下级土地利用总体规划应当依据上一级土地利用总体规划编制。
地方各级人民政府编制的土地利用总体规划中的建设用地总量不得超过上一级土地利用总体规划确定的控制指标，耕地保有量不得低于上一级土地利用总体规划确定的控制指标。
省、自治区、直辖市人民政府编制的土地利用总体规划，应当确保本行政区域内耕地总量不减少。
