一是公安机关与审判、检察机关地域管辖上的冲突。法院、检察和公安部门对管辖权的理解不一致，解释也各不尽相同，在案件的立案、批捕、起诉和审判环节上经常会出现由于这一原因而不能顺利进入诉讼程序的现象二是同一机关内部地域管辖的冲突。主要表现为行为地与结果地、主行为地和从行为地、先受理地和后受理地等管辖冲突等。一些案件中，某地公安机关侦查后，向外地公安机关移送，而被移送地公安机关以移送地公安机关有管辖权为由不予接受，导致案件送不出、诉不了。三是级别管辖上的冲突。公安部门内部对于级别管辖还没有出台可操作性的标准，导致各地在级别管辖上比较混乱。
一、管辖权异议的申请流程
受诉法院收到当事人提出的管辖权异议后，应当认真进行书面审查，必要时需召集双方当事人听证。对当事人所提出的管辖权异议，区别情况作出不同的处理：人民法院受理案件后，当事人对管辖权有异议的，应当在提交答辩状期间提出。人民法院对当事人提出的异议，应当审查。异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院;异议不成立的，裁定驳回。
当事人就级别管辖权提出异议。级别管辖是上下级法院之间就一审案件审理方面的分工。受诉法院审查后认为确无管辖权的，应将案件移送有管辖权的法院告知双方当事人，但不作裁定。受诉法院拒不移送，当事人向上级法院反映并就此提出异议的，如情况属实确有必要移送的，上级法院应当通知受诉法院将案件移送有管辖权的法院;对受诉法院拒不移送且作出实体判决的，上级法院应当以程序违法为由撤销受诉法院的判决，并将案件移送有管辖权的法院审理。
二、仲裁和民事诉讼的区别是什么？
1、前提不同。仲裁的前提是当事人双方达成仲裁协议，表明自愿将争议提交仲裁机关。而民事诉讼不需要双方协商，只要一方的起诉符合法定条件法院就会受理。
2、选择权不同。是当事人有权选择仲裁员。而民事诉讼的审判人员由人民法院决定。
3、仲裁实行一审终局制。当事人不得就同一事实再次申请仲裁，也不能向人民法院再行起诉、上诉。而民事诉讼可经过一审、二审和再审三个阶段。
4、管辖不同。仲裁是协议管辖，而法院诉讼是强制管辖。仲裁以当事人双方自愿为原则，必须有双方事前或事后达成的仲裁协议，仲裁机构才能依法受理，并在此种情况下，法院无权受理此案件;而法院诉讼不必得到另一方当事人的同意或者双方达成诉讼协议，只要一方当事人向有管辖权的法院起诉，法院就可以依法受理争议案件。仲裁不实行地域管辖和级别管辖，而法院诉讼实行地域管辖和级别管辖。当事人双方有权选择任一合法成立的仲裁机构进行仲裁，不同的仲裁机构之间无任何隶属关系;而诉讼只能依法向有管辖权的法院起诉，当事人无权选择法院。
5、仲裁庭和法院审判庭的组成方式不同。仲裁可由当事人约定仲裁庭的组成方式并自主选定或者委托指定仲裁员，而法院诉讼当事人不能选择审判庭的组成方式和审判员。
6、审理不同。除特殊情形外，诉讼实行公开审理，而仲裁注重保护当事人的商业秘密，一般实行不公开审理。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百一十五条公安机关对已经立案的刑事案件，应当进行侦查，收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料。对现行犯或者重大嫌疑分子可以依法先行拘留，对符合逮捕条件的犯罪嫌疑人，应当依法逮捕。
第一百一十六条公安机关经过侦查，对有证据证明有犯罪事实的案件，应当进行预审，对收集、调取的证据材料予以核实。
第一百四十三条侦查人员认为需要扣押犯罪嫌疑人的邮件、电报的时候，经公安机关或者人民检察院批准，即可通知邮电机关将有关的邮件、电报检交扣押。不需要继续扣押的时候，应即通知邮电机关。

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