对侵权人因侵权所获得的利益计算问题，《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》(以下简称《解释》)第十四条规定：“商标法第五十六条第一款规定的侵权所获得的利益，可以根据侵权商品的销售量与该商品单位利润计算；该商品单位利润无法查明的，按照注册商标商品的单位利润计算。”国家工商行政管理局在1999年12月29日的《关于商标行政执法中若干问题的意见》中也规定：“侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润一般是指销售收入减去成本及应缴纳的税金。销售收入的计算只涉及侵权人的实际收入，即已销出商品部分的收入不包括库存商品。”
以上两种计算方法虽然不同，但其基准都是侵权获得利润。然而在商业运行中，企业获得的利润可以分为主营业务利润、利润总额和净利润三种。主营业利润是指销售获得的所有收入，扣除成本后的部分；利润总额是指税前收入，所得税应当退库作为销售赔偿额的一部分，其他支出应予扣除，产品销售税则不退税；净利润是指利润不仅应当扣除成本，还应当扣除其他支出，以侵权人在侵权期间获得的纯利润作为赔偿额。在侵权获得利润的赔偿问题上，选择主营业利润作为侵权赔偿的金额是较为合理的，既无需交纳非因自己经营产生的所得税以保护被侵权人的利益，还有利于阻吓侵权行为。
但是，对于商标侵权中有的商标侵权的对象只是商标权人产品中的一项或几项产品，而非所有产品的情况，就应当采取不同的计算方法。在实践中比较实用的计算公式是：侵权获利=侵权期间总销售额×侵权商品配比率×利润率。其中，侵权商品配比率是指侵权商品在所有商品中所占的比例，而根据以上对侵权获得利润的论述，侵权期间总销售额与侵权商品配比率的积就是上文中的主营业利润。
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