严重. 1、一般纳税人遗失已开具的专用发票的发票联和扣款联，如果在损失前证明一致，买方应出示卖方提供的相应专用发票记账表复印件及卖方主管税务机关出具的证明该证明可作为增值税进项税额的抵扣凭证，如遗失前未经证明，由买方凭卖方提供的相应专用发票记账联的复印件证明。
2、 如与证明一致，则由专用发票记账联的复印件证明发票记账联及卖方主管税务机关出具的凭证，可作为增值税进项税额的抵扣凭证，专用发票记账联及凭证复印件留存备查。可作为进项税额的抵扣凭证只有在买方主管税务机关批准后，才能取消增值税，以减少税务处理环节。
3、 如果公司丢失了开具的专用发票的扣除副本，如果在丢失前已证明一致，则专用发票的发票副本副本可供日后参考；如果在丢失前未经认证，可使用专用发票的发票副本进行认证，并保留专用发票的发票副本以备将来参考。
4、 如果本公司遗失已开具的专用发票的发票复印件，可将专用发票扣减复印件作为记账凭证，并保留专用发票扣减复印件备查。卖方丢失了增值税专用发票，按规定程序向卖方所在地税务、公安机关报告损失，接受税务处罚。
拓展资料
1、如果发票超过抵扣证明时间的，出票人用将增值税专用发票的纳税申报证明连同记账联的复印件一并发给买方记账，不得抵扣。此时，购票人只需登录证明审核平台，直接对证明进行审核，然后凭记账联复印件进行记账即可。
2、如果只是丢失了增值税专用发票的抵扣联或发票联其中一联的，处理起来就比较简单，但如果抵扣联和发票联同时丢失的，处理起来相对就复杂很多，增值税专用发票毕竟不同于普通发票丢失后可以补开，所以一定要小心保管。
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