牡丹的花朵较大而鲜艳，一般呈现出丰满的球状或杯状，花瓣众多，花色丰富多彩。牡丹的花期短暂，通常在春季开放，而且生长环境对温度要求较高。
芍药的花朵较小，花瓣相对较少，一般呈现出单瓣或半瓣状，花色相对单一。芍药的花期较长，通常在夏季开放，对温度要求相对较低。
在用途方面，牡丹主要被用作观赏花卉，其盛开时景观壮观，受到广泛欣赏。芍药则在中医药中有重要的地位，被用作草药，常用于调理女性生理问题。
