cytoscape怎么建立三元
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发布时间：2022-04-20 04:40
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时间：2023-08-31 13:23
为了产生不同类型的网络，DisGeNET的控制面板提供了可以调整的参数。包含三个标签：gene disease network, disease projects, gene projections.默认的是gene disease network,这种模式下，不同的GDA(gene disease assosiations)网络可以通过选择不同的data来产生。Assosiation类型和/或disease classes由下拉菜单产生。GDA网络可以通过cut-off过滤。另外，GDA网络可以围绕一个特殊的疾病或基因建立，需要通过search boxes。其中一些功能也可以用来产生疾病project和gene project网络。
如果想获得特定某一来源的GDA网络，例如curated data，这是来自于很多网络的经过专家逐一认可的（uniprot，ctd-human，clinvar，orphanet，GWAS Catalog），选择感兴趣的来源即可，然后点create network。
GDA网络包含16969nodes，55641edges。可以应用cytoscape的layout算法来产生你想要的方式，例如选择organic。应用disgenet style。一旦获取了网络，一旦获取了网络，关于nodes和关系的特别信息就可以获得，面板右下角。例如使用cytoscape搜索框发现disgenet不同的疾病，包含alzheimer，如下图
如果想获得疾病网络来自于GWAS Catalog的，那么选择desease projection标签。然后选择source为GWASCAT(有下拉菜单)然后摁下create network。这个网络包含231个疾病，2844个edge。见下图
建立GDA curated网络，*类型为causal nutation，那么选择source为curated，从association 类型下拉菜单选择causal mutation。摁下create network，那么GDA网络会获取包含7625个nodes和8289个edges。见下图
这里，作者提出了一个小问题思考
同理，我也做了一个各种疾病标记物的网络，也看了下哪种标记物出现在最多的疾病中，和哪种疾病的标记物最多
可见，TNF出现在最多的疾病标记物，特异性应该很低了
网络也可以通过疾病类型进行过滤。疾病类型基于desease分支（C），和三个categories（F01,F02,F03）,这都是基于Psychiatry和Psychology Branch（F）,MeSH的等级分类。为了产生来自predicted数据的网络，并且假如我们只想包含Nutritional and metabolic disease。那么选择source（predicted），选择disease class（Nutirtional and metabolic disease）这在disease class下拉菜单实现。然后，create network。这个GDA网络有1237个nodes和1676个edges。考虑下，哪个疾病有最大数目的基因？
控制面板中的search功能可以用于
围绕一个疾病或基因产生网络
围绕一个疾病和基因产生网络
围绕一组疾病或基因产生网络，匹配关键词
搜索可以*source，关系类型，疾病类型，得分
还是可以不*条件生成所有网络，然后在控制面板的搜索框输入比如“Alzheimer”
或者最好是直接上面条件不*，在搜索框输入“Alzheimer”这样更快
网络可以通过增加条件进一步过滤，比如输入APP，在gene search box，摁下create network。那么alzheimer所有亚型相关的网络和APP有关的就产生了。每个边代表gene-疾病直接关系的证据，这个关系是被source定义的。一个联系类型，或一片文章。每一个边的颜色区分联系类型。使用edge table在右下角的table panel可以探索每个联系的证据。
