怎么查一个转录因子调控的下游基因

转录因子一半都结合在被调控基因的promoter区域，你可以做一个chip-seq实验，然后在基因组数据库中定位这些与该转录因子结合的DNA区域，那么这些区域的下游附近的基因就很可能是受该转录因子调控的基因。然后在针对这些疑似基因做转录因子KO之后的该基因mRNA水平检测（realtimePCR）确定是否受其调控。

答案：CHIP实验原理及步骤 一、原理：CHIP实验，即染色质免疫沉淀实验，是一种研究蛋白质与DNA相互作用的方法。它基于特定的抗体识别目标蛋白质，将与之结合的DNA片段通过一系列操作沉淀下来，进一步分析该蛋白质与DNA的结合位点及相互作用强度。这种技术对于寻找特定转录因子调控的下游基因、研究基因表达调控机...

1.对于已知启动子的生物，就不过多赘述了，网上资源很多，可以上blast等生物信息学网站搜索基因序列，很容易得到序列的 2.对于原核生物来说，启动子一般就在起始密码子上游不远处，是紧密相连的，所以启动子及其调控序列一般位于基因上游不远处。3.对于真核生物来说，启动子有可能在距相应基因的上游或下...

体内：报告基因方法 就是将你想要检测的promoter装在一个载体上，然后导入特定的细胞内。该细胞内有表达或者过表达你所想检测的转录因子。如果转录因子可以结合在你的promoter上，就可以启动下游的报告基因表达。报告基因可以是荧光蛋白，也可以是荧光素酶。注：promoter--启动子。其实enhancer也可以用来当pro...

可以通过检索相关的数据库和文献来获得该基因的转录起始位点和终止位点。1、染色质免疫共沉淀技术：通过特异性抗体寻找转录因子和其他调节因子在基因转录区域中的结合位点。2、荧光素酶报告基因分析：将基因的激活区域或其中的片段与荧光素酶报告基因组合，转染到细胞中，观察是否具有转录活性。3、DNA甲基化和...

作为蛋白质的转录因子从功能上分析其结构可包含有不同区域：①DNA结合域（DNA binding domain）,多由60-100个氨基酸残基组成的几个亚区组成；②转录激活域（activating domain）,常由30-100氨基酸残基组成,这结构域有富含酸性氨基酸、富含谷氨酰胺。去blast里面查询，Specialized BLAST里面的“Search protein...

转录因子被激活后通过识别特异的核苷酸序列，并与之结合，来启动和调控其靶基因的表达。下游的靶基因就是指这个被转录因子调控的基因，因为 ”配体——受体——蛋白激酶——转录因子——靶基因“这样一个通路中，靶基因位于下游位置。

需要进行以下实验：1、基因表达谱分析。2、转录因子结合位点鉴定。3、转录因子与基因调控元件的相互作用。4、转录因子的功能分析。

从你的描述来看，是要做功能研究。有这样几个思路：第一，先分析该蛋白的氨基酸序列，看有无DNA结合区。和其他的转录因子有无功能同源区。第二，证实该蛋白有转录活性。分别overexpress或者silence后，做差减PCR，筛查下游基因。第三，证实该蛋白有DNA结合能力。找到下游基因，或者发现同源转录因子后，做...

1、利用UCSC数据库查询基因的启动子序列。UCSC Genome Browser Home提供了一个强大的平台，用于搜索和分析基因组数据。2、通过PROMO数据库识别转录因子。ALGGEN - PROMO (upc.es)是一个资源丰富的工具，能帮助用户查找与特定基因启动子序列匹配的转录因子。3、使用JASPAR数据库验证结合位点。JASPAR - A ...