如何快速的找到转录因子和启动子的结合位点

首先你要知道这些信息：转录因子名称、基因名称、启动子序列等等，然后有很多在线的数据库可以预测基因启动子区域，寻找promoter区域序列的数据库有以下几个：1.用NCBI：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 2.用UCSC：http://www.genome.ucsc.edu/ 3.用Ensembl：http://www.ensembl.org/index.html 4....

就是将你想要检测的promoter装在一个载体上,然后导入特定的细胞内.该细胞内有表达或者过表达你所想检测的转录因子.如果转录因子可以结合在你的promoter上,就可以启动下游的报告基因表达.报告基因可以是荧光蛋白,也可以是荧光素酶.注：promoter--启动子.其实enhancer也可以用来当promoter.

首先，利用UCSC和PROMO数据库。从UCSC数据库开始，以HOTAIR为例，找到其启动子序列。在PROMO中，设定转录起始位点上下游的区域作为启动子，然后搜索可能的转录因子。我建议设置高精确度，以得到更精确的结果，如容错率5%或0%。另一种方法是直接通过GENECARDS数据库。输入HOTAIR，查看其相关转录因子预测。Ge...

转录因子与启动子结合位点的研究是解锁基因表达调控的关键。转录因子作为基因表达调控的核心分子，其结合位点的精确识别有助于我们理解细胞命运决定和疾病进程。MATCH Suite工具，如基因组浏览器与位点hit表的联动功能，允许研究人员针对特定基因或集合作出精确预测。例如，一项关于IFNα/β受体的案例研究中，研...

查询某一基因的启动子区有无某转录因子的结合位点可尝试用缺失分析，应先用Matinspector 预测有无转录因子结合位点的存在，然后将启动子区域克隆，构建一系列区域突变克隆，与基因编码转录因子的基因共表达，检测报告基因的表达，来判断转录因子同一个基因的启动子都是可长可短的，只是不同长度可能启动子的...

1、利用UCSC数据库查询基因的启动子序列。UCSC Genome Browser Home提供了一个强大的平台，用于搜索和分析基因组数据。2、通过PROMO数据库识别转录因子。ALGGEN - PROMO (upc.es)是一个资源丰富的工具，能帮助用户查找与特定基因启动子序列匹配的转录因子。3、使用JASPAR数据库验证结合位点。JASPAR - A ...

转录因子结合位点的具体检测比较复杂，但大体可描述如下：转录因子的结合位点（transcription factor binding site，TFBS）是转录因子调节基因表达时，与基因模板链结合的区域。按照常识，转录因子（transcription factor，TF）的结合位点一般应该分布在基因的前端，但是，新的研究发现，人21和22号染色体上，只有22...

也是转录因子调控表达的重要位点，但是对其作用机理研究尚不深入。可能的作用方式有三种：1）与启动子的调控位点结合，阻止其它转录因子的结合；2）作用于其它转录因子，抑制其它因子的作用；3）通过改变DNA的高级结构阻止转录的发生。转录因子必须在核内作用，才能起到调控表达的目的。因此，转录因子上的核...

登录PubMed: ncbi.nlm.nih.gov搜索基因，如IL17A，查看搜索结果并点击第一条。在Gene页面，选择Sequence Text View，查看基因的上游2 kb序列，即为其启动子区域。UCSC查找启动子区域 访问UCSC: genome.ucsc.edu，使用Table Browser获取基因的上游2000 bases的序列，即启动子区域。对于转录因子结合位点的...

查询某一基因的启动子区有无某转录因子的结合位点可尝试用缺失分析，应先用Matinspector 预测有无转录因子结合位点的存在，然后将启动子区域克隆，构建一系列区域突变克隆，与基因编码转录因子的基因共表达，检测报告基因的表达，来判断转录因子的结合位点。转录因子，真核生物转录起始十分复杂，往往需要多种...