哪里可以找到 13 mESC ChIP-seq datasets数据库?
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发布时间：2022-04-29 23:33
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热心网友
时间：2022-06-26 01:11
长链非编码RNAs（lncRNAs）和microRNAs（miRNAs）代表了真核生物中两类重要的非编码RNAs。尽管这些非编码RNAs涉及到生物体发育和各种人类疾病，但是令人惊讶的是有关它们的转录*知之甚少。染色体免疫沉淀和下一代DNA测序（ChIP-Seq）的最新进展已经以空前的敏感性提供了检测转录因子结合位点（transcription factor binding sites，TFBSs）的方法。本研究中，我们描述了ChIPBase（http://deepbase.sysu.e.cn/chipbase/），我们开发的一个新数据库以促进从ChIP-Seq数据中进行转录因子结合图谱和lncRNAs与miRNAs转录*关系的综合注释和发现。ChIPBase的当前版本包括了通过在来自六种生物体的不同组织和细胞系中的543个ChIP-Seq实验产生的高通量测序数据。
通过分析数以百万计的TFBSs，我们鉴定了数以万计的TF-lncRNA和TF-miRNA*关系。此外，开发了两个基于网络的服务器以从ChIP-Seq数据中注释和发现lncRNAs和miRNAs的转录*关系。另外，我们开发了两个基因组浏览器deepView和genomeView，以提供*数据的整合查看。而且，我们的网络实现支持不同的查询类型及TFs、lncRNAs、miRNAs、基因本体论和通路的探索。追问我不太懂 在哪能找到这个数据库 谢谢
