repeatmasker能查基因组吗
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发布时间：2022-04-23 18:49
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时间：2023-07-09 20:29
基因组中的repeats依据其序列特征分成2类：串联重复(tandem repeats) 和 散在分布在基因组中的重复序列(interspersed repeats).其中第二类主要是transposable elements(TEs).
第一类串联重复包含：microsatellites 或 simple sequence repeats（1-6个碱基为一个重复单元） 和 minisatellites（10-60个碱基的长序列为一个重复单元）.
TEs包含2种类型：class-I TEs通过RNA介导的(copy and paste）机制进行转座；class-II TEs通过DNA介导的(cut and paste）机制来转座. 前者称为retroelements，后者称为DNA transposons。
class-I TEs中主要由LTR(long terminal repeat)构成。LTR的部分序列可能具有编码功能。而non-LTR则包含2个子类：LINEs(long interspersed nuclear elements)和SINEs(short interspersed elements），其中前者可能具有编码功能，后者则没有。
class-II TEs中加入了一个子类 MITEs(miniature inverted repeat transposable elements),基于DNA的转座因子，但是确通过”copy and paste”的机制来转座(Wicker et al., 2007)。
重复序列的种类
Tandem repeats 串连重复
Satellite DNA 卫星DNA
Variable number tandem repeat /Minisatellite 小卫星
Short tandem repeat（STR）/Microsatellite (Trinucleotide repeat disorders)微卫星
Interspersed repeats 散落重复
Transposon (Transposable elements (TEs) )转座子
Retrotransposon 反转录转座子
SINEs - Alu sequence, MIR 短散落元件
LINEs - LINE1, LINE2 长散落元件
LTRs - HERV, MER4, retroposon 长末端重复
DNA transposon DNA转座子
MER1, MER2, Mariners
TIR（Terminal Inverted Repeat） 末端方向重复
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时间：2023-07-09 20:29
