2020年转录组文章到底有多难发?一文说明白!
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发布时间:2022-12-05 01:11
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时间:2024-08-29 07:30
转录组是一类让人既爱又恨的项目,实验门槛低,却是文章泛滥的重灾区,总有人问我,现在转录组还能发文章吗?下面我就借一篇2020年5月4日发表在BMC Genomics上题为:Transcriptome analysis reveals rapid defence responses in wheat inced by phytotoxic aphid Schizaphis graminum feeding 的文章,详细地论述下2020年转录组文章到底有多难发?怎么发?下面我们先看下这篇文章具体内容: 实验简介: 文章研究的是小麦幼苗在麦二叉蚜采食后的快速防卫反应,分别于采食2、6、12、24、48 h后取幼苗叶片(3次生物学重复),进行转录组测序、叶绿素测定以及H2O2 积累测定以及NADPH抑制剂处理进一步探究小麦在咬食后氧迸发防御机制。 实验结果:
1. 麦二叉蚜采食后小麦转录组分析 这部分结果展示比较套路,主要是通过PCA分析看了下样品相关性及处理效应,介绍了一下差异基因总体情况。如下图:
2. 差异基因GO分析 作者按上调/下调基因集分别进行GO注释,并按时间点分别论述上调/下调基因集富集情况,如下图:
3. 麦二叉蚜采食后小麦叶片叶绿素含量变化 从差异基因GO分析可以看出,蚜虫采食可以负向*小麦的光合作用过程、光捕获和光系统相关基因,所以作者又测定了采食后小麦叶片叶绿素含量变化,如下图:
4. 麦二叉蚜采食后小麦叶片中水杨酸、茉莉酸相关防御途径的基因表达 参与SA生物合成的苯丙氨酸解氨酶(PAL)基因在不同时间点均显著上调,但表达水平随采食时间的增加而逐渐降低;茉莉酸代谢途径中三种脂氧合酶(LOX)基因均显著上调;受MAPKs*的WRKY转录因子也显示上调,如下图:
5. 二叉蚜采食后小麦叶片中过氧化氢(H2O2)积累和抗氧化酶活性的变化 蚜虫采食明显上调活性氧清除基因的表达,进一步通过3,3 ' -二氨基联苯胺(DAB)对小麦小麦叶片进行细胞学染色,采食2h后就出现H2O2积累,并且随采食时间的延长,斑点数量和大小逐渐增加,如下图:
6. NADPH氧化酶抑制对小麦叶片H2O2积累和防御反应的影响 NADPH氧化酶抑制剂二苯碘铵(DPI)不仅能明显抑制由采食引起的氧迸发,并且对小麦叶片防御应答基因表达水平也有明显的下调作用。
以上就是该篇文章全部结果,回头来看,这个实验设计并不复杂,内容也不是过多,为啥人家能发表而你却被拒稿呢?要知道,就这个2区3.5分影响因子的BMC Genomics ,也是很多人渴望而不可得的存在。
2020年,转录组类文章到底有多难发?从这篇文章我们可以看到,文章并没有你想像中的难发,我试着从中提炼以下几点,希望对您有所借鉴。
1. 实验设计相对合理,层级递进,取样点与植物防卫*级联反应基本对应,后续分析论述层次较为分明。
2. 转录组仅是的实验中的一部分,套路式的罗列结果的时代已没过去了,将转录组与其他指标融合在一起,就像本文中,除了转录组,作者还进一步进行了生理指标测定,如叶绿素含量、氧迸发等,基因关联性状,使结果更有说服力。
3. 转录组数据介绍切忌空泛,要结合其他生理生化指标,提炼出某些相关基因加以展示,如本文中叶绿素含量与表达下调的光捕获、光和作用相关的基因;H2O2积累和抗氧化酶活性的变化等。
4. 论文精华都在讨论部分,多引用他人数据佐证自己的结果,能做到旁征博引,论文一般都错不了!精读文献原文,请点击文末“阅读原文” 直达。
2020年,转录组类文章有多难发?其实难的是你不肯转变观念,时代不同了,老套路也就过时了;很多老师目前面对的难题不是手里没数据,也不是不会写论文,而是数据看不明白,分析便无从下手,这个梗不破,怎么发文章?!我给大家推荐一部 《转录组分析结果解读》 视频教程 ,轻松解决您看不懂转录组结果数据的难题。
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