RNA-seq分析软件“海底捞“--RNACocktail

发布网友发布时间：2023-04-25 19:58

共1个回答

热心网友时间：2023-10-16 13:47

" RNACocktail是一款集成软件，开发者调查了RNA-seq分析的所有主要步骤，评价了不同步骤下分析工具组合的准确性、效率和一致性，提出了一个综合的RNA-seq分析流程手册--”海底捞“----即在转录组的分析范围内，使用RNACocktail你可以组合不同的分析工具，从而一步完成流程分析。

RNACocktail本质上来说是一款”调度“软件，它可以调取你本地上所有的转录组分析工具，因此，这些分析工具需要你提前安装在本地，不建议使用conda安装RNACocktail，否则，在分析过程中你需要指定每一款转录组分析软件或者你所有的转录组分析软件都和RNACocktail一样安装在同一个环境下。
在跑流程过程中，如果那一步”卡住“了，则可能是某一分析工具安装的问题：
软件版本和例子参见： RNACocktail (bioinform.github.io)

注意：RNACocktail需要使用者先建立转录组的索引，我这里就略过了

总的的来说，RANCocktail对于常规的的转录组分析流程提供了一个不错的一步到位的分析解决思路，但实际上，对于稍微复杂点的转录组数据，使用RNACocktail往往无法调整每一步分析的细节，而这又会对最终的结果造成较大的偏差。因此，从来就没有一步到位且能满足各种情况的完美软件，每一步都需要使用者去理解，调整参数，达到最优值。当然，这个软件的文章却能为我们对转录组分析软件提供新的理解和思考。

Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis | Nature Communications

软件说明书： RNACocktail (bioinform.github.io)
中文说明： 2020-08-18 | 39个RNAseq分析工具与对比_穆易青的博客-CSDN博客

评估结果：

注：定量分为两大类：基因层次和转录本亚型层次，基因层次的定量使用GTF文件中的外显子和基因坐标信息，将reads比对信息与之对应，常用的软件有Featurecounts、HTSeq-count等

Stringtie参考：stringTie:转录本组装和定量工具 (qq.com)

总之，在RNA-seq分析过程中，需要考虑的问题是：分析目的是基因还是转录本？有参还是无参？是否需要比对？是否需要组装转录本？（featurecount）？比对到参考转录组还是参考基因组计数？