PBS脚本 提交任务
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发布时间：2022-12-16 20:56
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时间：2023-09-10 18:00
#如何在linux下创建一个可运行shell脚本
#新建一个.sh文件
touch cellranger.count.sh
#编辑test.sh文件
vi test.sh
#键入i，输入内容;#!/bin/sh必须放在第一行;然后键入esc键,输入:wq保存退出
#给test.sh赋予可执行权限
chmod +x test.sh
#执行脚本
sh test.sh
PBS 脚本格式 ：PBS脚本为.pbs文件，将提交任务的命令写在PBS脚本中提交，PBS脚本由抬头的任务详情和具体命令组成：
抬头任务详情格式：
#PBS -N myjob
#PBS -o /home/jz/my.out
#PBS -e /home/jz/my.err
#PBS –l nodes=2:ppn=1
#########################创建自己的
这里的#不是注释的意思
#PBS -N cellranger.f
#PBS -o /home/yifan/project/LJ.22.02.sc/cellranger/my.out
#PBS -e /home/yifan/project/LJ.22.02.sc/cellranger/my.err
#PBS –l nodes=2:ppn=1
cd /home/yifan/project/LJ.22.02.sc
for id in KOAC KONC WTAC WTNC
do
/home/yifan/software/cellranger-6.1.2/cellranger count --localcores=40 --localmem=120 --id=${id}2 --transcriptome=/home/yifan/data/ref/cellranger.mm10/refdata-gex-mm10-2020-A --nosecondary --fastqs=/home/yifan/project/LJ.22.02.sc --sample=${id}
done
一般格式：qsub + 脚本名称，
如：qsub myname.pbs
cd /home/yifan/project/LJ.22.02.sc
qsub cellranger.count.sh
65690.mu01 #给出了任务号
命令格式：qatat[-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]
qstat -an
参数说明：
-f jobid 列出指定作业的信息
-a 列出系统所有作业
-i 列出不在运行的作业
-n 列出分配给此作业的结点
-s 列出队列管理员与scheler 所提供的建议
-R 列出磁盘预留信息
-Q 操作符是destination id，指明请求的是队列状态
-q 列出队列状态，并以alternative 形式显示
-au userid 列出指定用户的所有作业
-B 列出PBS Server 信息
-r 列出所有正在运行的作业
-Qf queue 列出指定队列的信息
-u 若操作符为作业号，则列出其状态。
若操作符为destination id，则列出运行在其上的属于user_list中用户的作业状态。
例：# qstat -f 211 查询作业号为211 的作业的具体信息。
PBS脚本 提交任务
chmod +x test.sh 执行脚本 sh test.sh PBS 脚本格式 ：PBS脚本为.pbs文件，将提交任务的命令写在PBS脚本中提交，PBS脚本由抬头的任务详情和具体命令组成：抬头任务详情格式：PBS -N myjob PBS -o /home/jz/my.out PBS -e /home/jz/my.err PBS –l nodes=2:ppn=1 创建自己...
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