...测序公司总说通不过质检,P不出东西,到底什么原因?(16s测序)_百度知 ...

发布网友发布时间：2024-03-26 03:37

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热心网友时间：2024-03-26 11:16

粪便样本中含有大量PCR抑制剂，尤其是腐殖酸，会直接导致提取的DNA不存，导致PCR失败。
如果是用于16s rDNA菌群测序，不同的DNA提取试剂盒影响也很大(可以参考文献：The Impact of Different DNA Extraction Kits and Laboratories upon the Assessment of Human Gut Microbiota Composition by 16S rRNA Gene Sequencing)。
根据我们的实际操作经验，粪便DNA提取主要问题在于去除腐殖酸，还有需要充分裂解，包括使用溶菌酶。建议使用常见的粪便DNA提取试剂盒比较稳妥。

还有PCR无法获得结果还可以通过稀释DNA的一定程度上提高成功率，原因还是通过稀释减少腐殖酸等抑制剂。
我们现在对于16s rDNA菌群测序的DNA的最低要求是总DNA量超过100ng，浓度不低于10ng/ul。最好有比较好的OD值。