Gene Oncology 数据库是什么国家的
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发布时间：2022-05-03 10:36
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热心网友
时间：2022-06-19 02:00
GO（gene ontology）对大家而言也许会是一个相对陌生的名词,但是它已经成为生物信息领域中一个极为重要的方法和工具,并正在逐步改变着我们对 biological data的组织和理解方式,它的存在已经大大加快了我们对所拥有的生物数据的整合和利用,我们应该逐步学会理解和掌握这种思想和工具.
众所周知,sequence based biology中的核心内容即是对序列的Annotation（注释）,其中主要包含structural annotation和functional annotation,前者涉及分析sequence在genome中的locus以及exon,intron,promoter等的location,而后者则是推断序列编码产物的功能,也正是我们在六月论题中所着重探讨的.应该说,这二者是相互关联的.
随着多种生物genome的相继解码,同时大量ESTs以及gene expression profile date的积累,使得annotation的工作量和复杂度大大增加.然而另一方面,大多数基因在不同真核生物中拥有共同的主要生物功能,通过在某些物种中获得的基因或者蛋白质（shared protein）的生物学信息,可以用以解释其他物种中对应的基因或蛋白（especially in comparative genomics）.由于这些繁复的功能信息主要是包含在积累的文献之中,如何有效的提取和综合这些信息就是我们面临的核心困难,这也是GO所要着力解决的问题.通过建立一套具有动态形式的控制字集（controlled vocabulary）,来解释真核基因及蛋白在细胞内所扮演的角色,并随着生命科学研究的进步,不断积累和更新.一个ontology会被一个控制字集来描述并给予一定的名称,通过制定“本体”ontologies并运用统计学方法及自然语言处理技术,可以实现知识管理的专家系统控制.
到目前为止,Gene Ontology Consortium（GO的发起组织）的数据库中有3大独立的ontology被建立起来：biological process生物过程,molecular function分子功能及cellular component细胞组分.而这三个ontology下面又可以独立出不同的亚层次,层层向下构成一个ontologies的树型分支结构.可以说,GO是生物学的统一化工具.
