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如何从UCSC Genome Browser中单独或批量获取gene中的各类序列

发布网友 发布时间:2022-05-03 10:36

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热心网友 时间:2022-06-19 02:00

利用UCSC的Table Browser页面可以非常简单的单独或批量获取gene中的各类序列,使用方法:
goto http://genome.ucsc.e/
点击页面上方的Tables,选择你需要的organism and assembly,
如果想到refseq UTRs序列,选择"Genes and gene predictions tracks"
"Refseq Genes"
"refGene"
region is set to "genome"
identifiers 中可以填入你需要的gene列表
output format to "sequence"
可以写入文件名,下载文件
click "get output"
chose "genomic"
chose "3' UTR Exons"
还可以定义输出序列的大小写等。
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