怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似
发布网友
发布时间：2022-05-04 12:58
共2个回答
热心网友
时间：2022-06-22 03:00
Bioedit提供了本地blast工具（菜单里的local blast 功能），如图一。
你需要把基因组数据做成本地数据库，使用菜单里的create a local nucleotide database file功能建立本地DNA数据库，建库的原始数据需要做成fasta格式的，建成的数据库存放在...\bioedit\database文件夹里。
然后用另一种菌的基因序列和基因组本地数据库做blastn或者tblastx（图二），就能找到与这个基因序列相似性较高的contig了。
我的bioedit版本较低，估计也能参考吧。
也可以直接从NCBI下载本地blast相关程序，使用dos命令行操作。
热心网友
时间：2022-06-22 03:00
2. 用新的序列作为query, 数据库选择刚刚建好的那个，设置blastn参数(就是定义相似性）
通常看e-value，越小越好，然后看hits的长度。如果相似性很高，但覆盖率比较小，也不是你希望的结果。
