chip-seq可以筛选靶基因吗

总之，ChIP-seq中的peaks是基因调控舞台上的一枚枚重要棋子，它们以数据的形式为我们揭示了细胞内复杂而精细的遗传调控机制，为生物学研究提供了宝贵的窗口。通过深入解读这些peaks，科学家得以绘制出基因表达调控的精密地图，进而推动我们对生命科学的深入理解。

染色质免疫沉淀后测序( ChIP seq )是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步，ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低，ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。原理：...

CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。而且，CHIP与其他方法的结合，扩大了其应用范围：CHIP与基因芯片相结合建立的CHIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选；CHIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点；RNA-...

研究中，通过开发基于细胞水平的TARGET系统及时间梯度系列的ChIP-seq和DNA腺嘌呤甲基转移酶标记鉴定(DamID-seq)方法，研究人员成功捕获了NLP7在早期氮响应过程中的全基因组范围的靶基因之间的稳定和瞬时互作蛋白。NLP7在氮供应条件下数分钟内磷酸化进入细胞核，在植物体内调控的大部分基因通常通过传统ChIP方法...

7. 分析检测：纯化DNA通过ChIP-qPCR或ChIP-seq进行分析。qPCR针对已知靶基因区域，实现快速定量分析；ChIP-seq适用于不确定靶基因的情况，检测分析DNA片段。ChIP实验流程至此结束，下期将深入探讨ChIP的相关内容。汉恒生物专注病毒包装多年，如有任何技术需求或问题，欢迎随时咨询。参考文献：Collas P. The ...

转录因子一半都结合在被调控基因的promoter区域，你可以做一个chip-seq实验，然后在基因组数据库中定位这些与该转录因子结合的DNA区域，那么这些区域的下游附近的基因就很可能是受该转录因子调控的基因。然后在针对这些疑似基因做转录因子KO之后的该基因mRNA水平检测（realtimePCR）确定是否受其调控。

特异性地富集目的蛋白结合的 DNA 片段。通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。通过qPCR或二代测序，筛选与目的蛋白互作的DNA信息。ChIP-PCR用于鉴定转录因子结合到靶基因的启动子上，而ChIP-seq用于筛选转录因子直接结合的靶基因，探究转录因子的作用元件。END ...

CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。而且，CHIP与其他方法的结合，扩大了其应用范围：CHIP与基因芯片相结合建立的CHIP-on-chip方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选；CHIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点；RNA-...

通过综合的cistrome和转录组分析，在四种类型的胰腺类器官中发现 p53 结合的一些基因是野生型 p53 直接转录的候选基因，最终确定了16个未表征的 p53 靶基因。实验中，通过染色质免疫沉淀和测序（ChIP-seq）以及 RNA 测序（RNA-seq）来揭示 p53 结合和转录的基因。我们合并了从四种类型的胰腺类器官中发现...

通过ChIP-Seq技术，研究者分析了小鼠C2C12成肌细胞，发现ZBED6主要结合在Igf2基因内含子的QTN位点上，共计2,499个峰。进一步的GO注释分析揭示，ZBED6影响的1200个靶基因涉及发育、转录调控和细胞分化等重要生物学过程。这些靶基因中，不少编码转录因子，如Homeobox、bHLH、FOX、细胞核受体和SOX家族成员，...