tcga数据库样本哪些是肿瘤哪些是正常20

发布网友发布时间：2023-11-10 08:09

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热心网友时间：2024-08-31 07:11

答案就在 TCGA barcode ，样本标签描述了样本类型，是正常的还是异常的。还是对照组。比如胶质瘤RNAseq的bar code ，有174个样本类似于这个：

TCGA-06-0681-11A-41R-A36H-07

TCGA-06-0649-01B-01R-1849-01

第四个字段：11A和01B描述的就是样本类型，1-9是肿瘤，10-19是正常，20-29是对照。A 和 B 我也不知道啥意思。由于TCGA barcode 字段宽度是严格的。因此用substr就可提取

names=colnames(RNAseq_dat)

a=as.numeric(substr(names,14,15))

table(a)

可以看见数据中有5个是正常组织样本

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Xena 网站（网页链接)有整理好的TCGA数据，包括数据集和样本表格。样本表格数据详细，包含生存期，肿瘤分期分级，突变，亚型等等。

热心网友时间：2024-08-31 07:11

这种东西是看不出来是否判断与肿瘤有关的，肿瘤本身具有远端转移特性，从各个组织中都有可能存在。所以如果想要看pathway是否与肿瘤相关，就需要点进去查看相关文献，把各种蛋白摸透，才能够搞定，如果仅仅凭借go数据库的pathway来的就能判断了，世界早就和平了~多看看文献吧，加油。