刘小乐的主要成就
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发布时间：2022-04-24 23:01
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时间：2023-10-14 03:23
刘小乐发表了 70 篇文献 (26 篇是(共同)第一或通讯作者), 包括 19 篇在 Nature/Cell 系列中 (其中 7 篇是(共同)第一或通讯作者)。根据 Google Scholar 统计她的 H-index 为 28，就是说她有 28 篇论文被引用超过 28 次。 她做过 26 场国际会议特邀学术报告, 在世界各地的大学与研究机构举行过 50 次讲座和研讨会。她担任 19 家期刊 (包括 Nature, Nature Genetics, Nature Review Genetics, 和Nature Biotechnology) 和 3 个国际会议的审稿人, 并且先后担任 Genomics, Annals of Applied Statistics, Biostatistics, 和 BMC Bioinformatics 的编委。她还参与了 9 个美国国内或国际科学会议的组织和程序委员会。 刘小乐非常关心教书育人。在最近 5 年里, 她在不同的学术机构教授了 8 门不同的课程和讲习班, 包括在哈佛大学的 3 门课程以及 2007 年国家自然科学基金的龙星计划课程。她在哈佛的研究小组的学生、程序员、分析师、博士后、研究员来自不同背景(4 名物理，2 名生物物理，以及化学工程、电气工程、生物、生物信息、计算机和经济学各一名) ，并且她在同济大学现有三名研究生。她不仅仅是实验室成员科学研究方面的导师，还关注他们的事业发展前途。她组里的博士毕业生和博士后大都在优秀高校终身制任教 (加州大学旧金山分校, 贝勒医学院, 亚利桑那大学, 杨百翰大学, 同济大学)。
刘小乐 2002 年成为高等教育年鉴 (The Chronicle of Higher Ecation) 的封面人物, 获得了Bioinformatics Whiz 和 rising star 的美誉。她 2005 年获得 Claudia Adams Barr 创新基础癌症研究奖, 2006 年获得国防部前列腺癌研究计划新人奖, 2008 年获得 Sloan 基金会研究奖金。她目前担任三项美国卫生部 (NIH) 资金和一项国防部资金的 PI (Principle Investigator), 以及六项 NIH 资金的骨干 (Co-Investigator)。她还担任美国卫生部, 自然科学基金, 和国防部医学研究计划的评审团委员。
未来展望 生物医学研究的未来不仅依赖于可以设计出优秀实验并产生高质量数据的实验生物学家，还要依赖于会对产生的数据进行有效分析挖掘的计算生物学家。公共域的基因组数据比任何一个实验室能产生的数据都多，而且有更多的知识含量。配备了广泛的生物学知识、充足的数据挖掘及算法开发技能，计算生物学家能够有效地利用公共数据，从更多的相关数据中更快地找到规律, 设计出更好的生物学实验，为生物医学的新发现做出重要贡献。 随着高通量测序技术的不断提高, 数据生成将会象超市购物一样容易和充足，而且基础科学 (用模式生物和细胞株) 研究、转化医学 (用正常和得病人的组织器官) 研究、和临床 (直接接触病人) 研究之间的距离将会缩短。在 5 年之内, 用不到 $100 在一小时内测序一个人体基因组将会成为现实。生物医学研究者的方向、模式和所提出的问题将会和现在完全不同。 每个生物医学研究工作者都应该问自己：我怎样为这一天做好准备？刘小乐期待着与有志向、有天分的同学们一起探索生物医学的奥妙。
代表文章 (#共同第一作者, *共同通讯作者 ) ： 1. Liu XS, Brutlag DL, Liu JS (2002). An algorithm for finding protein-DNA binding sites with applications to chromatin immunoprecipitation microarray experiments. Nat Biotechnol. 20(8):835-9. 2. Johnson WE#, Li W#, Meyer CA#, et al, Liu XS (2006). MAT: Model-based Analysis of Tiling-arrays for ChIP-chip. Proc Natl Acad Sci U S A. 103(33): 12457-62. 3. Carroll JS, et al, Liu XS*, Brown M* (2006). Genome wide analysis of estrogen receptor binding sites. Nat Genet. 38(11):1289-97. 4. Ozsolak F#, Song JS#, Liu XS*, Fisher DE* (2007). Global chromatin structure mapping of human promoters. Nat Biotechnol. 25(2):244-8. 5. Johnson DS#, Li W#, et al., Struhl K*, Myers RM*, Lieb JD*, Liu XS* (2008). Systematic evaluation of variability in ChIP-chip experiments using predefined DNA targets. Genome Res. 18(3):393-403. 6. Zhang Y#, Liu T#, et al, Li W*, Liu XS* (2008). Model-based analysis of ChIP-Seq (MACS). Genome Biol. 9(9):R137. 7. Wang Q#, Li W#, et al, Liu XS*, Brown M* (2009). Androgen receptor regulates a distinct transcription program in androgen-independent prostate cancer. Cell. 138(2):245-56. 8. Vastenhouw N#, Zhang Y#, et al, Liu XS*, Rinn J*, Schier A* (2010). Chromatin signature of embryonic pluripotency is established ring zygotic genome activation in zebrafish. Nature. 464(7290):922-6. 9. He HH#, Meyer CA#, et al, Brown M*, Liu XS* (2010). Nucleosome dynamics defines transcriptional enhancers. Nat Genet, 42(4):343-7. 10. Ji H* & Liu XS*. Analyzing ‘omics data using hierarchical models (2010). Nat Biotech. 28(4):337-40
