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如何检测转录因子与启动子的结合能力

发布网友 发布时间:2022-05-21 20:37

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热心网友 时间:2023-11-10 17:52

查询某一基因的启动子区有无某转录因子的结合位点可尝试用缺失分析,应先用Matinspector 预测有无转录因子结合位点的存在,然后将启动子区域克隆,构建一系列区域突变克隆,与基因编码转录因子的基因共表达,检测报告基因的表达,来判断转录因子同一个基因的启动子都是可长可短的,只是不同长度可能启动子的活性不一样。真核生物一般都是认为在第一外显子上游的2kb以内(也有2kb以外的)。转录因子不同的预测方法(除了PROMO,还可用Jaspar 、TFSEARCH、TRANSFAC等数据库)结果都不一样,最终只有实验验证的才准确。
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