如何进行dna回文序列分析
发布网友
发布时间:2022-05-17 20:11
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热心网友
时间:2023-11-05 15:47
分析:
回文结构序列是一种旋转对称结构,在轴的两侧序列相同而反向。当然这两个反向重复序列不一定是连续的。短的回文结构可能是一种特别的信号,如*性内切酶的识别序列。较长的回文结构容易转化成发夹结构,此种结构的形成可能有助于DNA与特异性DNA结合蛋白结合。
特征与功能:
回文序列的一般特征: 有对称轴 ; 是自我互补的序列 ; 两条链从 5 ‘ 到 3 ‘方向的序列一致 ; 是 II 类*酶的识别序列 ;是某些蛋白的识别序列 ; 是基因的旁侧序列。
结构:
其特点是在该段的碱基序列的互补链之间正读反读都相同(并非在同一条链上正读反读)。
例如:
在双链中,形成十字架结构
5' GGTACC 3'
热心网友
时间:2023-11-05 15:48
回文序列绝大多数都是*性内切酶位点(不论是二型内切酶还是三型内切酶),因此用一般的酶切位点寻找工具就能找到,还能找到相关的酶切酶。
一个好用的网站:
http://www.bio-soft.net/sms/index.html
我看了你的问题,也希望你能看看我的回答。
工具可以统计回文序列的碱基数。自己除一下序列长度就是比例了。
热心网友
时间:2023-11-05 15:48
回文序列绝大多数都是*性内切酶位点(不论是二型内切酶还是三型内切酶),因此用一般的酶切位点寻找工具就能找到,还能找到相关的酶切酶。
回文结构序列是指顺读和反读都一样的序列,广泛存在于各种生物体基因组中。它可以在质粒、病毒和细菌基因组DNA以及真核染色体和细胞器中找到,并且广泛分布于人类癌细胞中。很多蛋白质的结合位点是回文结构:转录因子的结合位点,还有终止子也通常是回文结构。编码小RNA和其它非翻译RNA的基因很多片段也是回文结构。很多功能位点都是回文结构。
使用mega5软件,对已知的多重序列制作系统进化树——NJ图和MP图。
邻接距离矩阵法( NJ)在系统发育树构建中应用最为广泛,可以较快的构建系统树,同时也比较适合于分析较大的数据集,并可以很快地进行自展检验,但缺点是分析的进化距离不能太大。
最大简约法(MP)不需要距离法或似然法在处理核苷酸替代时所必需的假设,因此当序列分歧度较低时使用MP法即可获得更可靠的系统树。