空间转录组是什么

什么是空间转录组 在单细胞转录组测序中，由于组织解离，导致细胞的空间信息丢失。空间转录组技术则是结合成像、生物标记、测序及生物信息学等工具，对组织切片的基因表达进行空间定位的一项技术。这项技术可以揭示各细胞类型在组织中的空间分布、各细胞群体间的相互作用，以及绘制不同组织区域的基因表达图谱，...

空间转录组技术是研究生物体内细胞在空间上的分布及基因表达模式的重要手段。细胞作为生物体的基本组成单位，其在组织中的位置决定了其分子特性的关键性，对理解生理和疾病机制至关重要。然而，传统的单细胞转录组测序（scRNA-seq）在提取细胞时会丢失细胞在组织中的原始位置信息，难以在组织层次上绘制细胞图...

空间转录组（Spatial Transcriptomics）技术的兴起，旨在解析组织中不同空间位置的转录本情况，揭示细胞与组织之间在正常发育和疾病病理中的关系。通过整合组织切片的高通量转录组结果与形态学背景，空间转录组技术实现了基因表达谱的空间定位。这一技术对理解组织结构和功能至关重要。为了揭示细胞和组织间的复杂...

技术基础：空间转录组技术，顾名思义，旨在获取组织的结构信息和基因表达数据，弥补了单细胞测序在组织处理中丢失的空间位置信息。比如，Allen脑科学研究所的Zeng教授比喻说，单细胞分析像研究水果沙拉，而空间转录组则如研究水果馅饼，明确细胞位置及其相互关系。核心原理与实验流程：10x Genomics Visium技术通...

空间转录组学（Spatial Transcriptomics）是一种革命性的技术，它允许研究者不仅能够了解组织中哪些基因在表达，还能了解它们在组织中的确切位置。这种技术结合了成像和基因表达分析，可以在单细胞水平上解析组织样本的空间分布模式。应用领域：一、肿瘤生物学：1.肿瘤微环境研究：空间转录组学可以揭示肿瘤和周围...

空间转录组的璀璨篇章 在2020年的科学界，空间转录组技术以其卓越的创新和深度解读细胞和组织层次结构而备受瞩目。这一领域的技术方法主要分为两大类别：一是基于空间条形码的精准定位，如10X Visium、Nanostring DSP和华大科技的Stereo-seq；二是原位转录组分析，例如smFish、seqFish和In situ Sequencing (...

测序序列上的空间Barcode用于将测序序列定位到组织切片图像上，UMI用于基因表达定量。二、FFPE空间转录组技术优势 1、FFPE组织的Visium基因表达具有高敏感性、特异性和可重复性 对小鼠脑FFPE与新鲜冷冻组织分别进行Visium分析发现，两种组织检测到的基因具有高度相关性，显示了Visium对FFPE样本的可靠性和高灵敏度...

空间转录组测序技术以其独特的优势，在生物学研究中崭露头角。核心技术是通过10x Genomics Visium芯片，对组织切片进行透化处理，利用带有特异性地址序列的探针捕获mRNA，形成cDNA文库并进行测序，从而获取基因表达的同时保存位置信息。这种技术克服了单细胞测序中位置信息丢失的问题，能精确描绘组织中细胞的构成...

案例一：肌萎缩性脊髓侧索硬化症利用空间转录组学，研究者揭示了ALS中运动神经元退化过程的分子动态，区分小胶质细胞和星形胶质细胞，以及发现模型动物与人类组织的共同通路扰动，有助于理解疾病机制。案例二：黑色素瘤通过空间转录组学，研究人员深入分析了黑色素瘤的遗传异质性和复杂TME，揭示了瘤内组成和...

空间isoform转录组揭示组织切片中isoform区域转换 研究背景 原位捕获技术与长读长测序相结合，使基因表达数据得以定位到组织环境，加深了我们对复杂生物系统理解。然而，现有转录组方法无法在空间分辨率水平表征可变剪接和全长序列的异质性。为此，本研究提出了一种探索性方法：空间isoform转录组（SiT），通过...