RDKit|在PostgreSQL中进行分子结构搜索与查询

发布网友发布时间：2024-10-01 19:15

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热心网友时间：2024-10-13 01:25

一、环境搭建

以Windows环境为例，假设已安装PostgreSQL。步骤包括用户切换至postgres用户，启动服务端，创建名为"rdk"的schema，以及导入数据。对于Windows系统上的PostgreSQL安装及rdkit插件配置，可参考相关指南。

二、数据表准备

在成功安装rdkit插件后，需新建名为"rdk"的schema作为命名空间，以支持多用户并行操作数据库。schema下对象名称应避免重复，但不同schema间可使用相同名称。默认操作在public下，除非指定schema。

三、结构搜索与查询

正式进入核心部分，通过以下四类搜索方法探索分子结构：1. smiles子结构搜索，2. smarts子结构搜索，3. 立体信息的结构搜索，4. 带取代基的结构搜索。

本文基于rdkit官方文档，详细介绍了在PostgreSQL中进行分子结构搜索与查询的操作步骤和方法。通过环境搭建、数据表准备以及结构搜索与查询的实践，为用户提供了全面指南，旨在提升数据库管理和查询效率。