发布网友 发布时间:2024-10-04 09:33
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在生信分析中,ConsensusClusterPlus(CCP)是一个强大的无监督样本聚类工具,特别适用于R语言环境。它主要用于细胞或样本的高效聚类分析。进行CCP分析的第一步是数据准备。为了保留更多信息并节省时间,建议筛选出基因表达差异较大的前5000个基因。如果需要,可以对数据进行归一化,这可以通过相应的R命令实现。
常用的数据分析工具有哪些Tempo大数据分析平台,是一款面向企业用户的数据分析与应用工具,为用户提供报表设计、可视化分析、机器学习、文本分析等自助式数据分析与探索。平台基于大数据架构,集数据接入、数据分析探索、成果管理与应用为一体,面向企业全民用户提供从数...
RNA 31. SCI文章临床蛋白质组肿瘤在线数据挖掘神器(CPTAC)蛋白质组定量的结果形式与RNA定量结果类似,可进行的分析也类似。且相比于mRNA需要再经过翻译才能生成蛋白质,直接对蛋白定量的准确度更高。常规针对肿瘤样本和癌旁样本,进行差异表达,GO/KEGG注释,蛋白互作网络分析等。结合Clinical 标签数据,可进行生存分析,挖掘与临床病理或结果真正相关的标志物或靶点,通过机器学习方法可...
RNA 29. SCI文章中基于TCGA的免疫浸润细胞分析 (TIMER2.0)通过GO注释和KEGG富集分析探索肿瘤免疫环境,CIBERSORT和WGCNA用于免疫浸润细胞计算利用多种工具,如FusionGDB2和可视化,解析融合基因筛选关键的Hub基因,以及通过GSVA和ConsensusClusterPlus进行基因集变异分析利用ssGSEA进行单样本免疫浸润分析,深入了解免疫反应通过ESTIMATE,识别恶性肿瘤组织中的免疫细胞和基质成分...