生信工具教程|如何绘制有向调控网络图?

1. 进入工具，选择“有向网络图”。2. 准备边界文件，包括调控基因、调控关系和靶基因三列信息。3. 提交任务，查看结果。4. 调整网络图样式，包括结点样式、边界样式和全局样式。5. 保存结果，选择png或svg格式。通过以上步骤，您就可以绘制出有向调控网络图了。

R包通常需要编程知识，而OmicShare云平台则提供了更简便的绘图流程，用户只需按照示例文件格式准备输入数据即可生成桑基图。此外，绘制桑基图时，可以自定义颜色、透明度、条带变化曲率和方格宽度等参数，以增强图表的可读性和信息展示效果。桑基图作为生信分析中的重要工具，不仅能够直观地展示复杂数据之间的...

具体操作上，首先在App Manager中安装cytoHubba，导入数据后，选择网络，计算并查看关键基因的排名。以MCC为例，结果显示RPS18基因得分最高，可以作为后续研究的重点。另一方面，MCODE则专于检测PPI网络中的紧密连接区域，即可能的分子复合体。这个插件基于连接数据，可以找出网络中的密集区域，对于功能注释的提...

使用R语言绘制韦恩图。若不想编写代码，BioLadder生信云平台提供在线绘制功能，免费使用，只需登录。通过BioLadder平台，首先导入数据。上传文件或手动输入数据至输入框，上方输入分组名称，下方输入具体内容。调整参数以满足需求，提交数据后，图像会显示在左侧。若未上传数据，平台将使用默认demo数据进行绘图。...

步骤如下：第一，安装***cytoscape***软件。 软件安装比较简单，这里就不展开赘述了。第二，把要画图的数据进行整理。 假设，我在吉赛生物做了circRNA测序，筛选到了一些表达差异的circRNA分子，想要把要研究的circRNA及其靶向miRNA，挑选出来做网络图。我们会拿到2个表格，circRNA-miRNA线属性（netedges...

首先，确保已安装所需的R包。例如，执行以下代码：R install.packages("ggpathway")安装完毕后，可以创建网络对象和绘图了。具体操作步骤如下：R library(ggpathway)network <- create_network(pathway = "KEGG_pathway_id")graph <- plot_network(network)对于更复杂的通路网络，例如包含多个节点和边，...

在探索生物信息学可视化工具的旅程中，Plotly Dash凭借其简洁易用的特点吸引了我的注意。这款Python工具不仅适用于生物领域的专业应用，如序列比对、进化树和基因组圈图，还能够处理商业领域的数据，扩展至互作网络图和脑图等复杂可视化。它建立在d3.js之上，支持R和Python代码的提交，增强了用户的交互体验...

那么如何识别染色质中的TAD,这里有一个名词：DI，方向性指数。用于量化基因组区域的上游或下游相互作用偏差的程度，发现在TAD边界区的偏差很大。（参考： 3D基因组入门笔记 ）TAD与Chip-Seq结果一起看（图片来自： 3D基因组入门笔记 ）：TAD图和Chip-seq一起看，可以看在TAD边界处或内部，不同的...

CeRNA网络中，如miRNA-mRNA-lncRNA-circRNA的相互作用，通过富集分析筛选出潜在的相互作用，考虑序列相关、表达量变化和miRNA结合富集程度。ceRNA分析的核心是理解其对mRNA表达调控的影响，以揭示在生物学问题中的具体作用，如心脏发育过程中的基因调控。基迪奥提供ceRNA研究的深度解析案例和5月线上培训班，包括...

目前，Cytoscape中总的有252个插件 PS：若你开了梯子下载速度会更快些，不开也不影响，只是速度相对慢一点而已。插件操作学习 对于初学者，我们这里借用SCIPainter(基迪奥)中莫北老师的教程进行操作，对于初学者很是的友好. 网络图分析工具Cytoscape快速上手 2. 调整 3， 导出数据 「往期文章：」「1....