m7GHub V2.0:一个用于解析表观转录组m7G甲基化修饰的数据库
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发布时间:2024-09-27 09:15
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时间:2024-10-01 18:53
RNA转录后修饰是维持基因表达调控和细胞功能的重要环节,其中,7-甲基鸟嘌呤(m7G)修饰是最常见的一种形式,广泛存在于tRNA、rRNA和真核生物mRNA的5’端帽子结构中,对RNA的稳定性、出核及蛋白质翻译过程起到关键作用。随着生物技术的发展,已经鉴定出数万个m7G修饰位点在不同物种中的分布,揭示了m7G修饰在生物过程调控,尤其是疾病发展中的重要作用。
为整合并促进m7G修饰的研究,m7GHub数据库应运而生。作为人类转录组中mRNA m7G位点的集中存储库,m7GHub V2.0在原有基础上进行了全面升级。该版本集成了m7GDB、m7GDiseaseDB数据库以及两个分析模块,旨在实现m7G数据的共享、注释和个性化分析。m7GDB数据库全面收录了23种物种中各种类型RNA的m7G修饰位点,数量高达430898个,远超之前的版本。m7GDiseaseDB数据库则专注于收集m7G相关变异位点,包括涉及m7G位点的增添或缺失的变异,特别是一些与疾病相关的m7G-SNP,总数达到156206个,其中3238个与3238种疾病相关。
为了提升数据的实用性和分析效率,m7GHub V2.0还引入了两个增强分析模块:m7GFinder和m7GSNPer。m7GFinder模块通过深度学习模型高效准确地预测序列中的潜在m7G位点,而m7GSNPer模块则能够对指定的SNP位点与特定物种的m7G表观转录组数据进行关联分析,为m7G修饰的研究提供了强大的工具支持。
m7GHub V2.0数据库的升级,标志着m7G修饰研究领域的一个重要进展。它不仅整合了来自NGS测序和直接RNA测序(ONT)的丰富数据,还提供了针对m7G位点和功能变异位点的交互式分析能力,为科学家们提供了更便捷、高效的研究平台。随着技术的不断进步,m7GHub V2.0将继续完善,助力于m7G修饰及表观转录组研究的深入发展。