Mothur5_开始分析_OTUs、ASVs聚类与系统发育构建
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发布时间：2天前
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Mothur软件在生物信息学中被广泛应用于OTUs（ operational taxonomic units）和ASVs（amplified sequence variants）的序列分配以及系统发育构建。数据分析阶段，首先通过remove.group命令移除Mock样本。对于OTUs的聚类，Mothur提供了两种选择：一是传统方法，包括dist.seqs和cluster，适合小型数据集；另一种是cluster...
非结构化数据如何可视化呈现？通常情况下，我们会按照结构模型把系统产生的数据分为三种类型：结构化数据、半结构化数据和非结构化数据。结构化数据，即行数据，是存储在数据库里，可以用二维表结构来逻辑表达实现的数据。最常见的就是数字数据和文本数据，它们可以某种标准...
...Mothur扩增子基因序列处理_物种注释及发育分析首先，对于OTUs（ Operational Taxonomic Units），Mothur提供了两种方法：传统方法（dist.seqs和cluster）或利用分类学信息的bin分组（cluster.split），后者更快速且内存占用少。OTUs的形成会生成一系列输出文件，如.dist、.list、.sensspec等，用于进一步分析。ASVs（Amplicon Sequence Variants）的处理则聚焦...
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